Kelopak bunga segi lima warna merah putih lingkaran luar warna kuning dan hitam, melambangkan jiwa dan semangat dasar negara serta falsafah Negara Kesatuan Republik Indonesia.

Buku tulis terbuka memiliki makna agar para siswa dapat bekerja keras menuntut ilmu pengetahuan dan teknologi. Namun, logo ini sebenarnya menyimpan sebuah nasihat kepada para siswa agar memanfaatkan buku sebagai rujukan pustaka secara maksimal dalam mengerjakan tugas serta melambangkan pengembangan diri menjadi manusia yang kreatif dan memiliki kemampuan akademis yang tinggi.

Pita warna merah melengkung di bawah dengan tulisan “19 Juli 1982” mengandung makna kreatifitas dan inovasi yang fleksibel seiring tuntutan perkembangan kemajuan jaman sejak berdiri 19 Juli 1982, dapat pula diartikan kebersamaan dan kekompakan warga SD Negeri 3 Wanagiri dalam melaksanakan pembangunan melalui pendidikan.

Gapura berada di tengah yang bermakna sebagai suatu gerbang untuk masa depan yang cerah dan penuh intregitas.

Gunung berwarna hitam, melambangkan kekayaan alam, menunjukkan dataran tinggi dan pegunungan yang menunjukkan SD Negeri 3 Wanagiri berada di daerah perbukitan,

Tulisan “SD Negeri 3 Wanagiri”, “Sukasada” bermakna sebagai nama sekolah yaitu SD Negeri 3 Wanagiri yang berada di Kecamatan Sukasada.