1.Layanan Berat Sebelah Oleh Tentera Jepun
Pada zaman pendudukan Jepun, masyarakat Tanah Melayu telah dilayan secara berbeza-beza. Masyarakat Cina umpamanya telah dilayan dengan begitu teruk oleh tentera Jepun berbanding dengan orang-orang Melayu. Keadaan ini berikutan Jepun yang pernah berperang dengan China sebelum ini menyebabkan perasaan saling mendendami antara satu sama lain mash segar dalam ingatan. Layanan berat sebelah ini telah menyemai perasaan permusuhan antara orang-orang Melayu dan Cina.
2.Perasaan tidak puas hati terhadap hak istimewa orang melayu
PAP telah secara lantang menyuarakan rasa tidak puashati terhadap apa yang disebut sebagai hak istimewa orang Melayu dalam perlembagaan. Mereka mendakwa hak kaum-kaum lain diketepikan kononnya mereka telah tersisih daripada keadilan. Oleh sebab itu menurut Jomo dalam bukunya "Pembangunan Ekonomi dan Kelas Sosial di Semenanjung Malaysia", isu sebenar yang mencetuskan peristiwa 13 Mei adalah perasaan tidak puas hati terhadap hak istimewa orang Melayu. Namun hakikat sebenarnya kedudukan taraf ekonomi orang Melayu adalah terkebawah berbanding dengan kaum Cina.Â
3.Bahasa Melayu sebagai bahasa rasmi negara
Isu bahasa juga tidak kurang pentingnya dalam menyumbangkan faktor kepada peristiwa 13 Mei. Berikutan perisytiharan kemerdekaan Tanah Melayu 1957, sebuah perlembagaan Persekutuan telah dibentuk yang antara lainnya menyatakan dengan jelas tentang kedudukan bahasa Melayu dan bahasa Inggeris adalah sebagai bahasa rasmi negara.
Selepas sepuluh tahun merdeka kerajaan akan mengkaji semula tentang kedudukan bahasa Inggeris dengan tujuan untuk mengugurkannya daripada status bahasa rasmi dan hanya bahasa Melayu sahaja yang diktiraf sebagai bahasa rasmi. Untuk mencapai tujuan itu, pada 31 Ogos 1967 kerajaan telah mengadakan pelbagai kegiatan bagi tujuan memperluaskan penggunaan bahasa Melayu.
4.Perbezaan agama dan budaya
Kaum melayu sebahagian besarnya beragama islam Kaum cina beragama Buddha, Lao-Tza, Taoisme, Conficius manakala kaum india beragama hindu. Di samping itu terdapat juga yang beragama kristian. Setiap kaum juga mempunyai kebudayaan yang tersendiri. Masalah perpaduan ini bukannya bermula disebabkan agama lain tetapi akibat dari sikap jahil terhadap agama-agama lain hingga banyak perkara yang dilakukan secara tidak sengaja telah menyinggung emosi penganut agama lain. Inilah punca yang telah mengakibatkan peristiwa 13 Mei 1969.
5.Masalah ekonomi
Kegiatan ekonomi berbeza telah mewujudkan jurang pendapatan berbeza antara kaum dan menimbulkan rasa tidak puas hati dan persingan ekonomi secara tidak sihat. Ketidakseimbangan ini menyebabkan setiap kaum salingmencemburui satu sama lain. Orang melayu mencemburui kemewahan dan kejayaan orang cina manakala orang cina dan india mencemburui kelebihan orang melayu yang mendapat peluang perkhidmatan dalam sektor pentadbiran.
6.Dasar Pecah & Perintah Penjajah Inggeris
Kejadian ini disebabkan oleh dasar "pecah dan perintah" yang diamalkan oleh British yang mengaitkannya dengan beberapa faktor. Dasar penjajah Inggeris yang mengamalkan konsep pecah dan perintah merupakan satu tindakan yang berkesan dan telah menjadi punca wujudnya jurang antara kaum sama ada dari sudut ekonomi dan juga polarisasi kaum. Umpamanya orang-orang Cina tinggal di bandar-bandar menjalankan perniagaan dan juga di kawasan-kawasan lombong sebagai pelombong dan merekalah sebenarnya memiliki aset yang tinggi dalam ekonomi masyarakat Malaysia. Sementara orang-orang Melayu tinggal di luar bandar sebagai petani atau nelayan keil. Kaum India kebanyakannya pula sebagai buruh kasar kerajaan dan pekerja di ladang. Pada hakikatnya kegiatan ekonomi orang-orang Melayu dan India adalah bercorak sara diri. Keadaaan ini menyebabkan kedudukan ekonomi masyarakat bumiputera khususnya Melayu menjadi lemah dan ketinggalan.