Forum aux Questions
IUT de Bordeaux - Site de Périgueux - Génie Biologique - TP virtuel de Biologie Moléculaire
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Que signifie vortexer ?
C'est un néologisme qui indique de mélanger en faisant usage d'un vortex.
Qu'est-ce qu'un gel discriminant ?
Un gel discriminant : capacité d’un gel à séparer les petites molécules. On peut avoir des gels qui ne séparent que les grosses et où toutes les petites migrent à la même vitesse : il sera peu discriminant.
Comment moule-t-on un gel ?
L’étape où on coule les gels : pour faire un gel d’électrophorèse, on fait fondre de l’agarose (c’est comme de la gélose) dans un tampon (ici le TBE) et on le déverse dans un récipient rectangulaire : en refroidissant, ça fait un gel. (on plante aussi avant dedans un peigne, en le retirant, cela fera des trous pour le dépôt).
Où trouver BLASTn ?
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch
Quelle est la différence entre génome nucléaire et mitochondrial ?
Ce n'est pas la même chose ! Notre génome est constitué de 2 types de génome : 1) le génome nucléaire, les chromosomes du noyau et 2) le génome mitochondrial : l'ADN des mitochondries. Une séquence ne peut être à la fois dans les deux.
Comment savoir si un gène est codant ou non codant ?
Il existe des méthodes officielles mais le plus simple est de taper le nom du gène sur wikipedia ou un moteur de recherche : si l'article dit qu'il s'agit d'un gène qui code pour une protéine, c'est donc qu'il est codant.
De façon générale, si les 2 amorces hybrident sur le même gène, on sait immédiatement que l'amplification a lieu sur ce gène.
Qu'est-ce qu'un thermocycleur ?
Le thermocycleur est l'appareil qui va faire la PCR en faisant varier la température très rapidement et de façon cyclique. (exemple programme de PCR ci-dessous)
Quelle configuration du thermocycleur utilise-t-on ?
(1) Dénaturation initiale : 95°C, 2 min
(2) Cycles : => 30 cycles répétés
a. Dénaturation : 95°C, 10 secondes
b. Hybridation : 60°C, 10 secondes
c. Elongation : 72°C, 15 secondes
(3) Extension finale : 72°C, 5 minutes
Quelle est la différence entre une PCR quantitative et qualitative ?
Une PCR classique, qualitative, réalise une copie d'une région (amplicon) qui devient détectable. Si je fais une PCR, sur de la viande hachée prétendument de bœuf ,adaptée à l'ADN de porc et que j'obtiens un amplicon, c'est qu'il y a du porc dans mon bœuf. Je ne peux en revanche pas savoir la part de porc : est-ce une trace, est-ce la moitié de la viande.
La PCR quantitative donnera, elle la quantité d'ADN de porc : on aura ainsi une idée plus précise de la nature de la fraude (fraude avérée ou traces...)
C'est quoi la différence entre le tampon échantillon et le tampon de charge ?
Le tampon échantillon contient le tampon de charge et d'autres éléments.
C'est quoi la différence entre le tampon de migration et marqueur de migration ?
L'un sert à mettre en place la migration (TBE dans le protocole), l'autre servira de repère pour se faire une idée de la vitesse de la migration et l'arrêter au bon moment.
Un exemple de marqueur de migration : le bleu de bromosphénol (de taille trop importante pour suivre les petits amplicons)
C'est quoi un marqueur de taille ?
Cela sert de repère pour se faire une idée de la taille des molécules qui migrent sur une électrophorèse (définition à revoir dans cette vidéo).
On parle de marqueur de taille ou d'échelle d'ADN mais attention, le marqueur de taille peut aussi être un mélange de protéines (quand on étudie des protéines). Suivre ce lien : Marqueur de poids moléculaires (Wikipedia)
Comment j'interprète le ratio A260/A280 pour affirmer qu'il y a eu une contamination de mon ADN ?
Extrait du site d'ozyme (marque du thermocycleur de l'IUT) : Les facteurs qui influencent les ratios de pureté :
Les facteurs comme le pH, la force ionique de la solution d’acides nucléiques (3), la présence de bulles d’air, les fluorochromes (pour les oligonucléotides marqués) et également la précision du spectrophotomètre impactent les ratios de pureté. Selon les résultats publiés par Wilfinger en 1997, le ratio A260/A280 d’un ARN pur dans une solution plus acide est significativement plus faible, pouvant induire en erreur sur l’interprétation de la pureté. Il est donc important d’utiliser le même tampon pour le blanc et pour la solution d’acides nucléiques lors du dosage par le spectrophotomètre. Un léger décalage de la précision de longueur d'onde d’un spectrophotomètre peut modifier significativement les ratios A260/A280. Par exemple, un décalage de +/- 1 nm de précision de longueur d'onde se traduira par une variation de +/- 0,2 pour le ratio A260/A280. Comme beaucoup de spectrophotomètres réclament une précision de 1 nm, il est possible d’observer une différence jusqu’à 0,4 pour les ratios A260/A280 d’un même échantillon d'acides nucléiques obtenus avec deux spectrophotomètres différents. Il est donc important de vérifier régulièrement la performance et la précision de son spectrophotomètre.
Si mon ADN est contaminé par des protéines, ça veut dire quoi ?
En principe, la PCR peut fonctionner en présence d'un peu de protéine (pas trop non plus) , elle marchera en revanche moins bien.