1989年仲夏,聘請高敏智牧師前來牧會,高牧師有感於時代的需要,設立了第三堂國語聚會,隔年也開始國語查經聚會。聚會人數在幾年當中遽增至四百人,新的團契不斷成立,1993年開設「佳里聖教會」,每週指派執事前往配搭事奉。人數的激增,使高牧師常有會友找不到座位而放棄聚會的遺憾,在聖靈的催逼下,提出建堂的異象。
但建堂兩年的『曠野期』中,教會借用南神的禮拜堂聚會,牧者及會友均遭受極大試煉,內憂外患紛至沓來,建堂事工也遭到延宕。然而神是信實的,祂是在曠野開道路,沙漠開江河的神,1999年5月16日正式舉行開工禮拜,期間歷經大雨來襲及921大地震,工程依然如期進行,並在短短的半年間蓋好新會堂。1999年11月28日舉行新會堂第一次主日崇拜。