1941年二次世界大戰爆發,日本政府開始對教會嚴加管束、壓迫。1943年4月8日台南聖教會因不認日本天皇為現人神,遭日本政府關閉,禁止聚會達三年之久。教會關閉期間,高進元牧師白天騎腳踏車探訪會友,與會友一起讀經禱告,堅固會友的信心;晚間則在會堂摸著每一位信徒常坐的椅子,為弟兄姊妹提名禱告,經年不輟,椅子有明顯遭磨平的痕跡。隨著戰局的惡化,台南市受到美軍的猛烈轟炸,市區幾成廢墟,會堂及寄放在外的桌椅,卻在神特別的保守下,沒有受到任何損壞。1945年戰爭結束,10月7 日教會恢復聚會,舉行戰後第一次主日崇拜,散處各地的會友亦紛紛回來重理教會。
1946年10月,靈糧世界佈道會會長,趙世光牧師由上海抵台,因與聖教會的信仰與異象相同而合作。將台灣五間聖教會改名稱為「基督教靈糧世界佈道會OO聖教會」,高進元牧師受命為台灣分區會長,從此發展聖工。 1949年設立高雄聖教會。1950年又前往潮州會友家中主領家庭禮拜,福音事工逐漸擴展,一年後創設了潮州聖教會。高牧師除了負責主日講壇及晚上的佈道會外,並兼任中台神學院的教學工作, 1952年5月在中台廣播電台傳講福音時,因為長年的奔波、勞累而中風病倒。
1949年中國大陸淪陷,即與趙世光牧師失去聯絡。適時美國遠東宣教會來台商議,決定與聖教會合作,開設中台神學院。從此不再加上靈糧堂名稱。這時期大量的外省信徒遷台,參加聚會人數增加到三百人以上,每次聚會由高牧師用台語講道,請會國語的弟兄姐妹翻譯。
高進元牧師之後,先後由鄭綉鳳傳道、許遵道牧師、江牧羊牧師擔任牧者。1954年因著福音的使命及會友的搬遷,先後設立「開山佈道所」(現為開山聖教會)、「湖內佈道所」(現為湖內聖教會)。1955年執事會派代表前往日本聘請林異雷牧師回國接任第五任主管牧師,林異雷牧師牧會八年半期間,組織聖歌隊、成立青年部、購買墓園,1959年因西區信徒的需要,設立了「西區佈道所」(現為安樂聖教會),由當時的副牧王清揚傳道負責推展聖工。1963年楊文得牧師接任第六任主管牧師。1964年3月信徒大會通過公園路舊會堂重建, 1966年7月29日舉行會堂重建獻堂典禮。1968年舉行40週年慶典並分設東門聖教會。教會逐漸脫離牧者動盪的過渡期,進入安定期。
楊文得牧師牧會13年半期間,被神大大的重用,成立地區性生活小組、建立教會預算制度、訓練執事在各方面都受裝備,並成立社會青年團契,使教會在信徒裝備及管理制度上逐漸穩固。1977年五月楊文得牧師舉家移民美國,同年11月由高耀民牧師接任第7任主管牧師。1978年舉行50週年禧慶並設立開元佈道所(現為開元聖教會),由當時的副牧沈瑞仁傳道負責佈道所的聖工。1983年3月高耀民牧師移民美國。半年後由陳瑞樑牧師接任第8任主管牧師,1988年中結束他在台南聖教會近4年的牧會。