Il Museo si sviluppa nella galleria antiaerea costruita nel 1943 ed in uso fino al 1945. Dopo la fine del conflitto il vano fu adibito a magazzino, poi divenne un luogo per la coltivazione di funghi da destinare al mercato locale. Infine fu abbandonato. La società Adriatica di Speleologia lo chiese in affitto al Comune di Trieste nel 1989. Cominciarono I lavori di adattamento con l’obiettivo di creare un laboratorio biospeleologico per lo studio e la riproduzione di Proteus anguinus, infatti in quel periodo lo stato di degrado dell’ambiente carsico e delle acque sotterrane era gravemente compromesso. Fu Erwin Pichl che volle creare in collaborazione con Sergio Dolce ed il Museo Civico di Storia naturale un luogo per poter osservare e far conoscere al pubblico più vasto le speciali caratteristiche della fauna sotterranea. Dunque dopo l'apertura del 1990 lo Spelovivarium fu riconosciuto museo minore dalla regione FVG nel 1995. Oggi è un luogo unico nel suo genere dove storia e scienza sono a disposizione di ama conoscere.