Комунальний заклад Сумської обласної ради "Шалигинська спеціальна школа" є закладом загальної сеедньої освіти, заснованим на майні спільної вланості територіальних громад сіл, селищ, міст Сумської області, управління яким здійснює Сумська обласна рада через уповноважений нею орган - упроавління майном Сумської обласної ради та знаходиться у фінкціональному підпорядкуванні Депортаменту освіти і науки Сумської обласної державної адміністрації. Заклад має у своєму складі структурний підрозділ - пансіон, що забезпечує проживання учнів вдповідно до законодавства.