SMP Islam Integral Hidayatullah Bonepantai berdiri pada tanggal 01 Juli 2017 dan mendapatkan surat ijin operasional dari Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Kabupaten Bone Bolango pada tanggal  05 April 2019 dengan Nomor : 420/DIBUD-BB/SET/502/2019. Berdiri di atas tanah wakaf seluas 10.000 m2 dan 15.000 m2 tanah perluasan yang dibebaskan oleh Yayasan Ummul Quro’ Hidayatullah Bonepantai. Berlokasi di Jalan Noosalamati Desa Tunas Jaya Kecamatan Bonepantai Kabupaten Bone Bolango Provinsi Gorontalo. Sekolah ini dibangun dalam rangka memenuhi kebutuhan masyarakat terutama mereka yang memiliki anak usia pendidikan serta merupakan peran aktif Lembaga Pendidikan Integral Hidayatullah dalam mewujudkan manusia Indonesia yang cerdas.

Sekolah ini menerapkan pendidikan integral yakni pendidikan yang mengintegrasikan antara kurikulum Diknas dan Kurikulum Kementerian Agama. Dengan terintegrasinya kurikulum tersebut diharapkan para peserta didik bukan hanya cerdas secara intelektual tetapi juga cerdas secara spiritual dan emosional.

SMP Islam Integral Hidayatullah Bonepantai menerapkan system sekolah berasrama atau Boarding School dimana para peserta didik wajib berasrama dalam rangka mengikuti seluruh rangkaian proses pembelajaran.

Harapan besar, semoga SMP Islam Integral Hidayatullah Bonepantai menjadi salah satu mercusuar dalam memajukan pendidikan yang ada di Kabupaten Bone Bolango.