Kurikulum di SMK Pendidikan Khas Bumbong Lima memberi penekanan kepada pembangunan akademik dan kemahiran murid secara menyeluruh. Pelaksanaan pengajaran dan pembelajaran disesuaikan mengikut keperluan murid berkeperluan khas serta merangkumi bidang akademik dan vokasional. 

Sekolah ini melaksanakan Kurikulum Standard Sekolah Menengah (KSSM) walaupun murid terdiri daripada Murid Berkeperluan Pendidikan Khas (MBPK), di mana pembelajaran adalah setara dengan aliran perdana. Murid Tingkatan 5 akan menduduki Sijil Pelajaran Malaysia (SPM), dan tambahan penilaian kepada murid kemahiran akan menduduki Sijil Kemahiran Malaysia (SKM) pada tahun yang sama.

• Pentaksiran Pusat (PP)

• Pentaksiran Bilik Darjah (PBD)

• Pentaksiran Aktiviti Jasmani, Sukan dan Kokurikulum (PAJSK)

• Pentaksiran Psikometrik (PPsi)

• Sijil Pelajaran Malaysia (SPM)

• Sijil Kemahiran Malaysia (SKM)

• Standard Kecergasan Fizikal Kebangsaan (SEGAK)

• Rancangan Pendidikan Individu (RPI)

• Pentaksiran Alternatif Sekolah Menengah (PASM)