Sekolah ini terletak dalam daerah Ranau, Sabah dan merupakan sebuah sekolah yang terletak di kawasan pedalaman Sabah. Jarak sekolah dari Pekan Ranau adalah 49 km. Nama Sekolah Menengah Kebangsaan Matupang Jaya, Ranau (SEMANJA) telah diilhamkan oleh Encik Azman Manaf, mantan pengetua pertama sekolah ini berdasarkan nama lokasi sekolah yang terletak di Kampung Matupang, Ranau.

SEMANJA telah memulakan sesi persekolahan pada 01 Disember 1994. Bangunan awal SEMANJA (bangunan kayu) telah dibina dalam kawasan sawah padi penduduk Kg. Matupang dengan keluasan lebih kurang 30 ekar. Pada mulanya, SEMANJA hanyalah sebagai sekolah cawangan SMK Mat Salleh, Ranau. Oleh itu, guru-guru perintis yang mula bertugas di SEMANJA pada awalnya terdiri daripada guru-guru SMK Mat Salleh atas kerjasama Encik Mohd. Farid Linggi, pengetua sekolah tersebut pada waktu itu. Pada awal persekolahan, sesi persekolahan yang pertama bermula 01 Disember 1994, murid-murid SEMANJA belajar di bangunan SK Matupang, Ranau.

Pada 05 Januari 1995, SEMANJA telah memulakan sesi persekolahan di bangunan sendiri telah mewujudkan beberapa kelas sidang pagi dengan jumlah murid seramai 106 orang dan bilangan guru seramai 10 orang. Kira-kira 98% daripada murid SEMANJA berasal dari kampung-kampung yang berhampiran sekolah SEMANJA. Sebahagian besar murid dan guru terdiri daripada suku dusun.

Ketiadaan kediaman guru menyebabkan pada guru perintis terpaksa berulang alik dari Pekan Ranau ke sekolah. Anggota kumpulan pelaksana (AKP) pula hanya diwujudkan setelah SEMANJA beroleh bangunan sendiri. Atas inisiatif masyarakat Kampung Matupang, dua blok bangunan kilat asrama SEMANJA telah berjaya dibina. Seramai 39 orang murid telah diterima masuk sebagai perintis penghuni asrama SEMANJA. Berbekalkan wawasan yang jelas, kerjasama yang jitu dan kekentalan hati dalam kalangan penduduk Kampung Matupang dan sekitarnya, mereka telah menubuhkan jawatankuasa bertindak pembangunan SMK Matupang Jaya, Ranau yang diterajui oleh Encik Majais Gasial bagi tujuan membantu pihak sekolah memohon peruntukan membina bangunan sekolah yang baharu.

Kepimpinan yang silih berganti dalam kalangan pengetua telah mencorakkan pelbagai budaya pentadbiran di sekolah ini. Barisan pengetua yang pernah mengukir nama sebagai pentadbir di sekolah ini terdiri daripada Encik Azman Manaf (Pengetua Pertama), Encik Masnoddin Etir, Encik Rusining Rusidi, Encik The Seng Chai, Encik Boy @ Sharif Francis, Encik Jamirin Sahamin, Encik Lamri Bin Dikon (Allahyarham) ,Pn. Zubaidah Binti Hj. Ahmat Dan Encik Ahmad Shahbirin Subin.

Kini, SEMANJA boleh berbangga dengan tersergamnya bangunan konkrit sekolah yang telah mula diduduki sejak September 2005. Mercu tanda semanja iaitu jejantas sekolah yang menghubungkan bangunan utama blok akademik dengan bangunan blok asrama telah menjadikan SEMANJA satu-satunya sekolah yang memiliki jejantas di Malaysia. Keunikan SEMANJA ini ditambah dengan nilai kemasyarakatan yang tinggi dalam kalangan penduduk Zon Timur yang terdiri daripada sembilan buah sekolah aluran (feeder school) iaitu SK Nalapak, SK Sagindai, SK Matupang, SK Paginatan, SK Paus, SK Tampios, SK Sri Nukakatan, SK Tinanom, SK. Nunuk Ragang SK. Miruru. Semangat daya saing yang sentiasa berapi dan usaha berterusan dalam kalangan warga SEMANJA, telah menjadikan SEMANJA kini sebaris dengan sekolah-sekolah lain di daerah Ranau.