毎年，5月下旬に九州支部大会を開催しています。開催地は，九州･沖縄を反時計回りに動いています。
＊一般社団法人化により，学会の会期が，7月1日から6月30日までに変更されました。この変更にともない，九州支部では，見かけ上，平成28年度の開催をなしとし，平成27年度と29年度に2回の支部大会を開催する形となっておりますが，毎年5月（九州支部で全国大会を開催する年度は全国大会に兼ねる）に支部大会を開催するという運用は継続しています。平成30年度からは，従来どおり，年に1回の開催になっています。
*九州支部大会の論文集は，日本理科教育学会が管理しており，日本理科教育学会のホームページから入手できるようになっています。九州支部のホームページでは公開しておりませんので，問い合わせ等がありましたら，学会事務局に連絡を取るようにしてください。
令和6年度 大分大学（開催案内）（プログラム）（発表論文集）
令和5年度 宮崎大学（開催案内）（発表論文集）
令和4年度 琉球大学（開催案内）（プログラム）(発表論文集）
令和 3年度 鹿児島大学（開催案内）（プログラム）
令和 2年度 熊本大学 (開催案内）（プログラム）
令和元年度 長崎大学（九州支部大会の対面開催中止について)
平成30年度 佐賀大学（ ）
平成29年度 大分大学（開催案内）（プログラム）(情報交換会）＊第2回開催
平成29年度 福岡教育大学（全国大会を兼ねた大会）＊第1回開催
平成27年度 宮崎大学（開催案内)（プログラム）＊第2回開催
平成27年度 琉球大学（開催案内）（プログラム）＊第1回開催
平成26年度 熊本大学（開催案内）(プログラム）
平成25年度 長崎大学 (開催案内）（プログラム）
平成24年度 鹿児島大学(全国大会を兼ねた開催）
平成23年度 佐賀大学
平成22年度 福岡教育大学
平成21年度 大分大学
平成20年度 宮崎大学