PLBN merupakan garda terdepan negara yang menyediakan layanan terpadu di bidang Keimigrasian, Kepabeanan, Karantina, Keamanan, dan Administrasi Pengelolaan (dikenal juga dengan fungsi CIQS - Customs, Immigration, Quarantine, Security).

Berikut adalah instansi-instansi utama yang bertugas di PLBN:

1. Direktorat Jenderal Imigrasi

Keimigrasian (I): Pengawasan keluar-masuk orang/pelintas batas, penerbitan dan pemeriksaan dokumen perjalanan.

2. Direktorat Jenderal Bea dan Cukai 

Kepabeanan (C): Pengawasan lalu lintas barang (impor/ekspor), pungutan bea masuk dan pajak, serta penindakan kepabeanan.

3. Badan Karantina Indonesia (Barantin)

Karantina (Q): Pemeriksaan dan pengawasan terhadap lalu lintas hewan, tumbuhan, dan produknya untuk mencegah masuk dan tersebarnya hama/penyakit.

4. Tentara Nasional Indonesia (TNI)

Keamanan (S): Pengamanan batas wilayah negara, biasanya melalui Satuan Tugas Pengamanan Perbatasan (Satgas Pamtas).

5. Kepolisian Negara Republik Indonesia (Polri)

Keamanan (S): Penegakan hukum, ketertiban, dan keamanan umum di kawasan PLBN.

6. Badan Nasional Pengelola Perbatasan (BNPP)

Administrasi Pengelolaan: Lembaga koordinator utama yang mengelola dan mengembangkan kawasan perbatasan, termasuk fasilitas PLBN.

7. Badan Pengelola Perbatasan Daerah (BPPD)

Koordinasi dan dukungan pengelolaan perbatasan di tingkat daerah.

8. Jasa Raharja 

Jasa Raharja adalah Badan Usaha Milik Negara (BUMN) yang bertugas memberikan perlindungan dasar (asuransi sosial) kepada korban kecelakaan lalu lintas. Di PLBN, perannya berfokus pada jaminan perlindungan bagi pelintas batas dan kendaraan, terutama yang menggunakan angkutan darat.

9. Perhubungan (BPTD)

Memiliki peran sentral dalam pengaturan dan penyediaan sarana dan prasarana transportasi darat yang menghubungkan PLBN dengan wilayah domestik maupun negara tetangga. Mengatur izin angkutan orang dan barang yang beroperasi di jalur lintas batas (misalnya, Bus Angkutan Lintas Batas Negara/ALBN). Melakukan pengujian kelayakan kendaraan (uji kir) di pos PLBN/Balai Pengujian Kendaraan untuk memastikan kendaraan yang melintas memenuhi standar keselamatan.

10. Kementerian Luar Negeri (Kemlu)

Aspek diplomasi dan perjanjian lintas batas dengan negara tetangga.

• Poin Penting 

Fungsi Terpadu: PLBN dibangun untuk mengintegrasikan layanan dari berbagai instansi di satu lokasi (one-stop service).

Wajah Negara: Keberadaan PLBN yang modern dan terpadu ditekankan sebagai representasi atau wajah negara di perbatasan.