Setidaknya ada empat teori terkait asal usul nama Jalan Malioboro:
Teori pertama berpendapat bahwa nama Malioboro diambil dari gelar John Churchill sebagai Adipati Marlborough Pertama (1650-1722), jenderal dari Inggris yang paling terkenal pada masanya. Nama ini digunakan untuk benteng pertahanan inggris di Bengkulu yang dinamakan Benteng Marlborough. Namun, teori ini dibantah oleh sejarawan Peter Carey yang mengemukakan bahwa tidak mungkin jalan yang digunakan sebagai jalan utama bagi Kesultanan Yogyakarta berasal dari nama Inggris.[2]
Teori kedua dikemukakan tokoh asal Jogja yang berpendapat nama Malioboro mungkin berasal dari nama penginapan (pesanggrahan) yang digunakan Jayengrana (Amir Hamzah) tokoh utama Cerita Menak yang mengadopsi Hikayat Amir Hamzah.[2]
Teori ketiga berasal dari Peter Carey yang berpendapat nama Malioboro berasal dari bahasa Jawa "maliabara" yang diadopsi dari bahasa Sanskerta "malyabhara" yang berarti "dihiasi karangan bunga".[2] Hal ini berdasarkan teori nama "Ngayogyakarta" berasal dari bahasa Sanskerta "Ayodhya" (bahasa Jawa: Ngayodya), ibu kota kerajaan Rama di epos Ramayana sehingga wajar bila kesultanan menggunakan atau mengadopsi bahasa Sanskerta untuk nama jalan atau nama tempat-tempat lainnya. Secara etimologi, hubungan antara nama jalan "Maliabara" dengan kata dalam bahasa Sanskerta "malyabhara" juga pernah disinggung oleh Profesor C.C. Berg pada kuliah di Universitas Leiden pada 1950–1960-an dan Dr. O.W. Tichelaar dalam sebuah karya ilmiah pada Kongres Orientalis Internasional ke-28 di Canberra, Australia. Maka dari itu, penggunaan nama "Maliabara" yang berasal dari bahasa Sanskerta untuk menamai jalan yang dibangun Hamengkubuwana I, sultan pertama Kesultananan Yogyakarta, setidaknya sejak tahun 1755 cukup masuk akal.[2]
Teori keempat berpendapat bahwa penamaan Malioboro berhubungan dengan keberadaan Sumbu Filosofi Yogyakarta ruas Tugu Yogyakarta hingga Keraton Ngayogyakarta Hadiningrat, yang melambangkan tentang alur hidup manusia menuju Sang Pencipta (Paraning Dumadi). nama Malioboro berasal dari gabungan kata malio yang berarti "jadilah wali" dan kata boro yang berarti "mengembara". Etimologi tersebut berkesinambungan dengan kedua ruas jalan lainnya, yakni jalan Marga Utama yang berarti "jalan keutamaan" dan jalan Marga Mulya yang berarti "jalan menuju kemuliaan". Setelah manusia mencapai hubungan tertinggi dengan Tuhannya (Manunggaling Kawula lan Gusti, dilambangkan dengan Tugu Yogyakarta), manusia akan meraih keutamaan (Marga Utama). Untuk mencapai keutamaan, manusia harus mengikuti ajaran para wali (Malio) dan mengembara (Boro) dengan berpedoman kepada ajaran tersebut dalam pelaksanaanya. Dengan mengikuti ajaran para wali, niscaya manusia akan memperoleh kemuliaan (Marga Mulya), disamping keutamaan.[3]
Pada abad ke-19 hingga awal abad ke-20, jalan ini sempat berubah nama menjadi "Margaraja", yang berarti jalan bagi tamu-tamu kerajaan menuju kediaman raja (keraton). Nama tersebut diberikan sesuai fungsi awal dari Malioboro yang menjadi jalan utama Kesultanan Ngayogyakarta Hadiningrat.[4]