Dalam upaya mengimplementasikan visi sekolah, SDN Penjaringan 06 menjabarkan misi sekolah sebagai berikut:

1. Mengembangkan karakter religius dan moral murid melalui pembiasaan ibadah, pembelajaran nilai-nilai agama, dan pembentukan akhlak mulia.

2. Meningkatkan kualitas pembelajaran yang inovatif dan relevan untuk mengembangkan kecerdasan, kemampuan bernalar kritis, dan kreativitas MURID.

3. Mendorong kemampuan berkolaborasi dan kemandirian melalui proyek-proyek kelompok, kegiatan ekstrakurikuler, dan pembelajaran berbasis masalah.

4. Memfasilitasi pengembangan kesehatan jasmani dan rohani melalui program olahraga, kegiatan kebugaran, dan layanan bimbingan konseling yang komprehensif.

5. Meningkatkan penguasaan ilmu pengetahuan dan teknologi (IPTEK) melalui pembelajaran berbasis teknologi, pelatihan keterampilan digital, dan pemanfaatan sarana prasarana yang memadai.

6. Membentuk budaya sopan santun dan tata krama di lingkungan sekolah dan masyarakat melalui teladan, pembiasaan, dan penegakan tata tertib.

7. Menumbuhkan kesadaran dan kepedulian terhadap lingkungan melalui program kebersihan, penghijauan, pengelolaan sampah, dan pembelajaran tentang keberlanjutan.

8. Menyelenggarakan proses pendidikan yang adaptif dan inklusif untuk memenuhi potensi dan kebutuhan beragam setiap warga sekolah.

9. Mengembangkan kompetensi profesional guru dan tenaga kependidikan secara berkelanjutan agar mampu memfasilitasi pencapaian visi.