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- 96 SNP genotyping
1. 오믹스정보 분석 자원
- 특발성 폐섬유화증: 165명
- 정상군: 283명
2. 분석 자원: DNA
3. Genotyping format: Fluidigm SNP genotyping
3. Genotyping format: Fluidigm SNP genotyping
4. Data size: 96 SNP/sample
4. Data size: 96 SNP/sample
5. Target gene (SNP 수): LILRA4 (28개), AOPEP (24개), OAT (15개), EPB41L3 (21개), PITX1 (8개)
5. Target gene (SNP 수): LILRA4 (28개), AOPEP (24개), OAT (15개), EPB41L3 (21개), PITX1 (8개)
6. Raw data 구성:
- bCODE: P-ID로 자원에 부여되는 고유번호
- bCODE: P-ID로 자원에 부여되는 고유번호
- Ped 파일: 기본적으로 앞 6개의 행은F-ID; Family (가족) ID = 0, bCODE; P-ID; Paternal (부계) ID = 0, M-ID; Maternal (모계) ID = 0, Sex; 성별 (1=남성; 2=여성), Phe; Phenotype (표현형 데이터 유무 1=있음, 0=없음)로 데이터 구성 7번째 행부터 2개의 행에 한 개의 SNP genotyping 정보가 입력되어 있음
- Ped 파일: 기본적으로 앞 6개의 행은F-ID; Family (가족) ID = 0, bCODE; P-ID; Paternal (부계) ID = 0, M-ID; Maternal (모계) ID = 0, Sex; 성별 (1=남성; 2=여성), Phe; Phenotype (표현형 데이터 유무 1=있음, 0=없음)로 데이터 구성 7번째 행부터 2개의 행에 한 개의 SNP genotyping 정보가 입력되어 있음
- Map 파일: 242,985개의 SNP에 대한 염색체 위치, rs번호 (SNP 고유번호) 및 위치정보를 제공하며, Chromosome; 염색체 위치, SNP ID; rs number 또는 SNP 고유식별번호, Genetic distance; 유전적 거리 (0: 해당사항 없음으로 표시), Base-pair position (SNP 염기쌍 위치) 와 같이 기본적으로 4개의 행으로 구성 됨
- Map 파일: 242,985개의 SNP에 대한 염색체 위치, rs번호 (SNP 고유번호) 및 위치정보를 제공하며, Chromosome; 염색체 위치, SNP ID; rs number 또는 SNP 고유식별번호, Genetic distance; 유전적 거리 (0: 해당사항 없음으로 표시), Base-pair position (SNP 염기쌍 위치) 와 같이 기본적으로 4개의 행으로 구성 됨
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