Debido a su enfermedad, Variara fue trasladado a Cúcuta con la esperanza de que el clima cálido le beneficiara. Allí fue hospedado por la familia Faccini Andrade, de origen italiano, lo cual le permitió sentirse un poco más cerca de sus raíces. Sin embargo, su salud continuaba deteriorándose.
La Familia Faccini con el Padre Luis Variara en la ciudad de San José de Cúcuta, capital del departamento Norte de Santander, Colombia.
Féretro con los restos mortales del Padre Luis Variara durante su velación en 1923.
El Padre Luis Variara falleció el 1 de febrero de 1923 en Cúcuta, Colombia, a la edad de 48 años. Sus últimos días estuvieron marcados por una enfermedad que lo debilitó considerablemente. A pesar de su sufrimiento, mantuvo su espíritu de servicio y entrega hasta el final.
Su funeral fue un evento conmovedor que reunió a cientos de personas, entre ellas, la Familia Faccini, los fieles, autoridades civiles y eclesiásticas. La ciudad de Cúcuta se unió en un solo sentir para despedir a este hombre que había dedicado su vida a servir a los más necesitados.
Aunque físicamente ya no estaba presente, el legado de Variara continuaba vivo. Sus restos fueron trasladados a Agua de Dios en 1932, a la capilla de la Casa Madre del Instituto que él mismo fundó. Allí descansan hasta el día de hoy, sirviendo como un recordatorio constante de su entrega y amor por los más pobres.
Día de la beatificación del Padre Luis Variara, 14 de abril 2002.