Nuestra Unidad Educativa San Ignacio de Loyola fue fundada el 3 de febrero de 1956, como un homenaje a la compañía de Jesús al año Ignaciano., celebrando su aniversario el 31 de Julio en el día de nacimiento de San Ignacio de Loyola.

Los fundadores del Colegio “San Ignacio de Loyola”, el Revdo. Padre Julián Sayos, que era Vice-Provincial de la Compañía de Jesús en Bolivia, el Revdo P. Carrero Primer Superior de los jesuitas en Oruro, Rvdo Erasmo Cardona Soto representante del P. Provincial y la Sra. Carmen Guzmán viuda de Mier Sub-directora.

La Unidad Educativa empezó a funcionar en un pequeño resguardo policial, cerca de la línea del tren, en la avenida 6 de Agosto, junto al parque Tiawanacu, posteriormente el entonces Alcalde Municipal Don Walter Zaconeta Quiroga puso a disposición de la Compañía de Jesús el lote situado entre las calles Arce, San Felipe, Arica e Iquique.

El Padre Erasmo Cardona Soto, fue nombrado director de la Escuela y por motivos de salud tuvo que dejar muy pronto el cargo, siendo sustituido por el padre Ignacio Salles, que ejerció la dirección durante 6 años desde 1956 hasta Enero de 1961.

Se empezó con un Kinder y dos paralelos de Primero y segundo básico, El número de de alumnos entre niños y niñas fue de 86 en el primer año. El personal docente y Administrativo recibió un salario mínimo durante los dos primeros años.

Un tiempo después de fundada la parroquia del Rosario, la Unidad Educativa paso a ser administrada por la congregación dela Religiosas de Jesús María, Congregación fundada por Santa Claudina Thevenet, dedicada especialmente a la educación de niños y jóvenes con preferencia por los más pobres; esta Congregación tiene casas en todos los continentes. La dirección de la Escuela sirvió también de pequeño despacho parroquial.

En 1966 pasa a ser de Fe y Alegría, siendo uno de los primeros centros de Educación a nivel Nacional; con el cual el estudiantado fue aumentando considerablemente, ya que se pudo suprimir la pensión, pues el Gobierno en convenio con Fe y Alegría paga sueldos a profesores y administrativos y Fe y Alegría pone los locales, material escolar y mobiliario. Por ese tiempo los alumnos tenían almuerzo escolar y atención médica en el dispensario de la escuela, pagando una pequeña cuota.

En 1968 tres religiosas de Jesús Maria fueron a vivir en la escuela a fin de atender mejor a los estudiantes y al barrio.

Una de las personalidades importantes, fue también la Hermana Luisa María Diez R.J.M, que por la sencillez de su ser, sus grandes valores, su carisma, su simpatía y su ansia de trabajo, la condujeron a afrontar enormes dificultades para mejorar las condiciones de vida y de infraestructura al establecimiento de nuestra comunidad marginada e impotente, y encender en ella una luz de esperanza.

En 1982 se tuvo la primera promoción, con el transcurso de los años el centro fue creciendo, intentando responder a las necesidades de las familias que habitan la zona. Es así que desde 1991 el bachillerato ha sido Técnico Humanístico con especialidades optativas de Mecánica, Nutrición y repostería, Corte y confección, secretariado e informática, Esto les permite a los alumnos salir mejor preparados para defenderse en la vida. Desde el año 2004 los estudiantes reciben de SEDUCA un certificado en provisión nacional como Técnicos Auxiliares en Computación Mecánica - Soldadura y Secretariado Asimismo en el aspecto cognitivo tuvo lugar la diversificación por áreas, actualmente divididas en ciencias exactas, biológicas y sociales.

Más tarde el nivel primario, debido al crecimiento vegetativo de los estudiantes y progreso de la zona, para colmar las expectativas y requerimientos de la comunidad educativa, se desdobló en dos turnos. Así se inicia “San Ignacio de Loyola I que trabaja por la mañana,  “San Ignacio de Loyola II” por la tarde y San Ignacio de Loyola Secundaria, cada una de las unidades con sus respectivo plantel docente, administrativo y de servicio.

El 31 de Julio de 1992, bajo la dirección de la Hna, Ana Kotamkompil, se forma la Banda estudiantil autóctona del establecimiento, con el fin de promover la música autóctona en los jóvenes estudiantes, a través del uso de instrumentos propios de nuestra cultura. Fue el primer establecimiento de Fe y Alegría, en contar con una banda propia.

Desde la implementación del BTH en nuestro país por la reforma educativa, nuestros estudiantes continúan su formación en la especialidad de Sistemas Informáticos obteniendo el título de Técnico Medio.