La empresa Vault-Tec fue contratada por el gobierno de los Estados Unidos antes de la Gran Guerra para diseñar y construir un sistema de refugios subterráneos ante la creciente paranoia de guerra nuclear. Estos refugios se construyeron oficialmente para proteger a la población de la aniquilación nuclear. Sin embargo, el verdadero propósito de muchos de estos refugios fue realizar experimentos sociales y psicológicos en segmentos preseleccionados de la población, observando su comportamiento ante el aislamiento y su capacidad para recolonizar la Tierra tras la apertura de los refugios. Los moradores de estos refugios, ignorantes de las verdaderas intenciones de Vault-Tec, trataron de sobrevivir, siendo sus interacciones y evolución, la clave en la narrativa de Fallout.
El refugio 79 es una imponente estructura subterránea construida en medio del yermo post-apocalíptico. Está dividido en tres niveles distintos, cada uno con su propia dinámica social y política, con sus propias tensiones y conflictos internos. Los moradores de cada nivel deben enfrentarse a desafíos procedentes de ese mundo interno marcado por las falsas apariencias, los intereses y la traición. A medida que exploran los oscuros secretos del refugio, deberán tomar decisiones difíciles y forjar alianzas para tener éxito y no morir en el intento.