Pada mulanya Sekolah Menengah Kebangsaan Lajau (SMK Lajau) merupakan sebuah institusi pengajian yang dibina untuk sekolah rendah, iaitu Sekolah Kebangsaan Labuan 3. Oleh kerana sekolah-sekolah menengah yang sedia ada di Wilayah Persekutuan Labuan (W.P Labuan) ini tidak dapat menampung permintaan kemasukan pelajar-pelajar ke tingkatan satu, Sekolah Kebangsaan Labuan 3 telah diiktiraf sebagai Sekolah Menengah Kebangsaan Labuan II, dan ditukarkan nama kepada SMK Lajau, mengambil nama sempena Kampung Lajau. Kerja-kerja awal pembinaan sekolah ini bermula pada tahun 1994 dan siap pada tahun 1996. Pada 10 Mac 1996, Yang Berhormat Menteri Pendidikan Malaysia, Dato’ Seri Mohd Najib bin Tun Abdul Razak telah melawat ke tapak projek SEMELA. SMK Lajau merupakan sekolah menengah yang ketujuh telah dibina di W.P Labuan. Nama SMK Lajau telah mula digunakan pada 6 Januari 1997 iaitu ketika pertama kalinya sekolah ini mula beroperasi.

SMK Lajau atau dikenali sebagai SEMELA, terletak di lokasi Kg. Lajau, kira-kira 11 kilometer dari pusat bandar Labuan. Sekolah ini didirikan di atas sebidang tanah yang asalnya merupakan tanah paya dengan keluasan 5.12 ekar. Sekolah ini dikelilingi oleh hutan-hutan kecil yang menjadikannya satu lokasi yang estetik bagi mereka yang menggemari kehijauan alam sekeliling di samping iklim dan suasana yang tenteram bagi memudahkan proses pengajaran dan pembelajaran. Pada awal tahun 1997, sekolah ini telah mula beroperasi dengan proses kemasukan pelajar-pelajar ke tingkatan satu. Kumpulan pertama pelajar perintis SEMELA terdiri daripada 419 orang dengan pecahan kelas sebanyak 12 buah. 1 Disember 2001, SMK Lajau telah dinaik taraf dari sebuah sekolah Gred B ke sekolah Gred A dengan pengambilan pelajar tingkatan enam. Pada tahun 2003 selaras dengan perkembangan vokasional aliran MPV Rekaan dan Jahitan Pakaian diadakan. Aliran MPV ini menerima seramai 25 orang murid dengan guru pertamanya Pn. Winnie Hon Fui Ree. Dan Pada tahun 2009 SMK Lajau mencipta sejarah lagi dengan mengadakan Program Pendidikan Khas Intergrasi. Program ini menerima seramai 11 orang murid dari tingkatan 1 hingga 5 dengan seramai 6 orang guru.

Dari segi pentadbiran sekolah pula, pengetua yang menjadi pengasas sekolah ini dilantik oleh Jabatan Pendidikan Sabah, iaitu Encik Abidin bin Marjan. Kemudian, diambil alih Haji Mohammad bin Haji Abu Bakar pada tahun 2001. Pada 17 Mei 2006, SMK Lajau diterajui pula oleh Encik Sahar bin Misron mulai 16 Jun 2006 yang kemudian bertukar ke SMK Mutiara, W.P. Labuan dan digantikan oleh Puan Hjh. Zamzam binti Hj. Abd. Rashid bermula pada 01 Julai 2011. Pada tahun 2012, sekali lagi kepimpinan SMK Lajau berubah dengan pelantikan Encik Yusup bin Mohamad sebagai pengetua bermula pada 16 April 2012 sehingga bulan Oktober 2017. Kemudian, Oktober 2017 legasi kepimpinan diteruskan oleh Encik Mohd Jamatin bin Abd Latif yang memulakan tugas sebagai pengetua sehingga Februari 2021. Seterusnya pentadbiran SMK Lajau diambilalih oleh Pn. Siti Aminah binti Zakaria sehingga Jun 2023 sebagai Pengetua. Kini pentadbiran SMK Lajau diterajui oleh En. Kitli bin Beka sebagai pengetua baharu. Cogan kata SEMELA berasaskan kepada tiga kata kunci, iaitu, “Berdisiplin, Berilmu, Berwawasan,” yang membawa maksud, pelajar-pelajar menunjukkan keterampilan bestari, berusaha menuntut ilmu pengetahuan dan membina jati diri serta berpandangan jauh ke hadapan.