รพ.สต.พงษ์ จัดทำแผนยุทธศาสตร์การดำเนินงานประจำปีโดยให้สอดคล้องกับแผนปฏิบัติราชการประจำปีของกระทรวงสาธารณสุข และมีการเชื่อมโยงตามกรอบยุทธศาสตร์ชาติระยะ 20 ปี ด้านสาธารณสุข ประกอบด้วย

1) การส่งเสริมสุขภาพ ป้องกันโรค และคุ้มครองผู้บริโภคด้านสาธารณสุข (Promotion Prevention and Protection: PP&P Excellence)

2) การบริการเป็นเลิศ (Service Excellence)

3) ด้านบุคลากรเป็นเลิศ (People Excellence)

4) ด้านบริหารเป็นเลิศด้วยธรรมาภิบาล (Governance Excellence)

การดำเนินงานตามพันธกิจดังกล่าว มุ่งเน้นใหสอดคลองกับเป้าหมายของกระทรวงสาธารณสุขที่มุ่งให้ประชาชนมีสุขภาพดี เจาหนาที่ปฏิบัติงานอย่างมีความสุข และพัฒนาระบบสุขภาพให้เกิดความยั่งยืน