После событий первой главы игрок освобождает куклу Поппи, которая говорит, что поможет ему выбраться с фабрики. Однако вскоре невидимая сила утаскивает её вглубь здания.

Поиск Поппи

Игрок проходит через Центральный вокзал фабрики, где узнаёт, что нужно включить поезд, чтобы сбежать. Поппи связывается с ним и объясняет, что для активации поезда нужны три кодовые секции, спрятанные в разных зонах фабрики.

Однако прежде чем она успевает сказать больше, её похищает Мамочка Длинные Ноги – большая розовая игрушка с длинными конечностями. Она отбирает у игрока GrabPack и вынуждает участвовать в "играх" фабрики.

Игры фабрики

Игрок должен пройти три смертельных испытания:

1. Musical Memory – музыкальная игра с зелёным Банзо Кроликом, где нужно повторять звуковые комбинации.

2. Wack-a-Wuggy – вариация «бей-крота», но с маленькими Хагги Вагги, которые выползают из тоннелей.

3. Statues – игра на подобие «Красный свет, зелёный свет» с гигантской гусеницей Пиджей Пагапилларом.

Конец Мамочки Длинные Ноги

После прохождения испытаний Мамочка решает убить игрока. Он убегает через механическую фабрику и в конце затягивает её в гигантские шестерёнки. Игрушка кричит от ужаса, прежде чем её тело разрывается на части.

Перед тем как она умирает, таинственная металлическая рука утаскивает её останки в темноту...

Поезд и неожиданный поворот

Игрок наконец собирает коды и находит Поппи, запуская поезд. Но на полпути она меняет маршрут, говоря, что он «не может уйти». Поезд теряет управление и терпит крушение возле новой локации: Заброшенного приюта.

Глава 2 заканчивается, оставляя игрока среди обломков...