Perhimpunan Kebun Binatang Se-Indonesia (PKBSI) merupakan organisasi profesi yang bersifat nirlaba (non-profit) yang resmi didirikan pada tanggal 5 Nopember 1969 di Jakarta oleh para tokoh kebun binatang di Indonesia, antara lain Bp. Harsono Radjak Mangunsudarso (alm); Bp. H.M. Kamil Oesman (alm); Bp. Th. E.W. Umboh (alm); Bp. Boesono dari Kebun Binatang Yogyakarta; Bp. M.S. Datuk Permato Diradjo dari Kebun Binatang Bukittinggi dan Bp. Hilmi Oesman (alm) dari Kebun Binatang Surabaya.

Awalnya pada tahun 1958 di Tawangmangu, Jawa Tengah – para pimpinan kebun binatang seluruh Indonesia mengadakan pertemuan untuk membahas dan wacana membentuk sebuah wadah / organisasi, namun tidak berkembang sebagaimana diharapkan. Didorong oleh kesadaran akan pentingnya peranan kebun binatang, maka para pimpinan kebun binatang seluruh Indonesia mengadakan musyawarah kembali untuk yang kedua kalinya dan diselenggarakan pada tanggal 3 s/d 5 Nopember 1969 bertempat di Balai Pertemuan Kantor Gubernur DKI Jakarta dihadiri oleh 40 peserta utusan dari kebun binatang, pemerintah daerah maupun lembaga-lembaga penelitian dan perguruan tinggi. Musyawarah berhasil membentuk suatu wadah bersama yang diberi nama “Perhimpunan Kebun-Kebun Binatang Indonesia” yang disingkat dengan PKBI.

Selang tak berapa lama, singkatan PKBI mendapat protes dari pengurus Perhimpunan Keluarga Berencana Indonesia yang telah lebih dahulu menggunakan singkatan PKBI. Terkait dengan hal tersebut para pengurus mengadakan pertemuan yang kemudian dapat disetujui / disepakati bahwa nama “Perhimpunan Kebun-Kebun Binatang Indonesia” yang disingkat dengan PKBI menjadi “Perhimpunan Kebun Binatang Se Indonesia” dengan singkatan PKBSI hingga sekarang dengan Akte Pendiran nomor 3 tanggal 13 September 2005 dihadapan Notaris Sri Hastuti, SH di Jakarta.

Sejalan dengan berkembangnya waktu, PKBSI yang sejak berdirinya berkantor / sekretariat berindah-pindah, semula di Jl. Teuku Umar No. 35 Jakarta Pusat (kediaman alm. Bapak H. Kamil Oesman) kemudian pindah dikediaman alm. Bapak Harsono RM, Jl. Minangkabau No. 1 Jakarta Selatan dan setelah itu berkantor di Kebun Binatang Ragunan. Selanjutnya pada pengurusan PKBSI dengan Ketua Umumnya Bapak D. Ashari, pada waktu itu mengajukan permohonan bantuan sebuah tempat atau gedung untuk sekretariat PKBSI kepada Gubernur KDKI Jakarta, dan Bapak Gubernur berkenan memberikannya yang berlokasi di Jl. Harsono RM. No. 10 Jakarata Selatan dan diresmikan penggunaanya pada tanggal 28 Agustus 1987 sampai sekarang.

Telah beberapa kali PKBSI melaksanakan Musyawarah Nasional dengan memilih Ketua Umum selaku pananggungjawab untuk menjalankan roda organisasi. Adapun Ketua Umum yang pertama adalah Bapak Harsono Radjak Mangunsudarso (alm) periode tahun 1969–1984; Ketua Umum yang kedua Bapak Letjen TNI (Purn.) D. Ashari(tahun 1984–1995); dan Ketua Umum yang ketiga adalah Bapak Ir. H. Lukito Daryadi, MSc (alm.) periode 1995–2005. Untuk mengisi kekosongan Ketua Umum yang ditinggalkan oleh alm. Bapak Ir. H. Lukito Daryadi, MSc yang wafat pada tanggal 6 Nopember 2004, maka dalam keputusan Rapat Koordinasi PKBSI tanggal 13-14 Desember 2004 bahwa untuk menjalankan tugas Ketua Umum dipercayakan kepada Bapak Ir. H. Dwiatmo Siswomartono, MSc hingga pelaksanaan MUNAS KE-10.

Pada pelaksanaan MUNAS PKBSI ke-X dengan tuan rumah Kebun Binatang Surabaya yang diselenggarakan pada tanggal 18-20 September 2005 di Surabaya terpilih sebagai Ketua Umum PKBSI yang keempat adalah Bapak DR. H. Rahmat Shah (Taman Hewan Pematangsiantar). Dalam Munas tersebut juga diputuskan untuk mengganti logo PKBSI yang kemudian disahkan pada Rakornas PKBSI tanggal 22-24 Nopember 2006 di Taman Safari Indonesia, Cisarua, Bogor.

MUNAS PKBSI ke XI pada tahun 2009 yang diselenggarakan di Jakarta Bapak DR. H. Rahmat Shah terpilih kembali untuk kedua kalinya, dan untuk yang ketiga kalinya pada MUNAS ke XII atas dukungan dari Anggota mengingat masih banyak pekerjaan dan tugas berat yang harus diemban PKBSI maka Bapak DR. H. Rahmat Shah secara aklamasi terpilih kembali untuk melanjutkan masa bhaktinya untuk lima tahun kedepan.

Pada MUNAS PKBSI ke XII yang diselenggarakan di Medan pada tahun 2013, menghasilkan kesepakatan antara lain perubahan nama PD/PRT menjadi AD/ART dan penyempurnaannya agar disesuaikan dengan perkembangan jaman dan menjadikan PKBSI sebagai organisasi yang mandiri dan profesional.