Среди основных научных школ, сформированных в Институте экономики НАН Беларуси, следует выделить школу региональной экономики, школу эффективности производства, школу экономической теории (политэкономии и экономической истории), а также школу научно-технического прогресса, прогнозирования и экономики науки.