Balai Penataan Ruang Laut (BPRL) Makassar sebagai salah satu Unit Pelaksana Teknis Ditjen PRL, dibentuk melalui PPeraturan Menteri Kelautan dan Perikanan (Permen KP) Nomor 29 Tahun 2025 tentang Organisasi dan Tata Kerja UPT Bidang Penataan Ruang Laut yang mempunyai tugas mempunyai tugas melaksanakan fasilitasi dan dukungan penyusunan dan peninjauan kembali perencanaan tata ruang, zonasi, dan kawasan, pelaksanaan pemanfaatan ruang laut, pelaksanaan pengendalian pemanfaatan ruang laut, dan pelaksanaan pembinaan penataan ruang laut sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.