La obra musical de Pedro Ximénez se sitúa dentro del periodo clásico latinoamericano de finales del siglo XVIII y principios del XIX. Su obra se divide en dos periodos, la música profana y la secular. La primera está compuesta de obras instrumentales para diferentes agrupaciones, así como para instrumentos solistas. Dentro de ellos destaca la guitarra como instrumento predilecto. De ellas destaca sus “100 minuetos para guitarra”, publicados en 10 volúmenes de 10 minuetos cada uno, fueron publicados en 1844 por la editorial Richault, Parent & Cie en París. El segundo periodo está conformado por 50 misas y las 40 sinfonías. Destaca de ellas la Sinfonía Nro. 40, que es la obra escrita con mayor madurez musical.