A primeira capitania, constituída pelas ilhas de Sta. Maria e S. Miguel foi entregue a Gonçalo Velho Cabral, que a delegou mais tarde a João Soares de Albergaria seu sobrinho, que, em 1474 vendeu a ilha de São Miguel a Rui Gonçalves da Câmara, filho segundo de João Gonçalves Zarco, capitão da ilha da Madeira, por 2000 cruzados em dinheiro e 4000 arrobas de açúcar, passando a residir em Vila Franca do Campo, feita vila e sede da capitania. (Na altura o maior e mais populoso povoado açoriano do século XV)
Ponta Delgada, lugar de homens de condição nobre e de poder fez-se vila em 1499, tendo crescido na proporção inversa da perda de importância de Vila Franca do Campo, valor acrescido por meio da criação da alfândega em 1518, uma estrutura importante da coroa, e que a fez sobressair como cabeça da ilha.
O título de cidade é concedido a Ponta Delgada por carta de D. João III, a 2 de Abril de 1546, como reconhecimento do seu dinamismo e crescimento urbano, e pela condição do seu porto, no apoio às naus da Índia, que no mesmo faziam descansar a sua tripulação e se reabasteciam. O seu núcleo urbano cresceu ao longo da costa entre a Calheta de Pêro de Teve, e o atual Campo de São Francisco, lugar que abriga o mosteiro de Nossa Senhora da Esperança, inaugurado em 1541.
D. João III em 1554 fez criar em Ponta Delgada o ofício de juiz de fora, colocando esta num plano único a nível do arquipélago, equiparando-a a um reduzido número de concelhos que tinham como magistrado judicial um oficial de carreira. Entre 1552 e 1580 foi construído a mando de D. João III o forte de São Brás, para defesa da cidade dos ataques dos corsários num dos extremos da cidade, construção custeada pela câmara e população em geral, tornando-se num dos principais símbolos da cidade. Os anos de 1567 e 1575 registam a fundação do mosteiro de Clarissas de Santo André e a decisão de se erguer uma torre sineira na Matriz respectivamente, que só teve lugar em 1624.
Por volta de 1580, o bispo D. Pedro de Castilho criou a freguesia de Santa Clara no limite ocidental da cidade, tendo como paroquial a igreja de São Ma- teus, pertencente aos capitães da ilha. Com a criação desta nova freguesia, ficou completo o conjunto de paróquias em que se divide a cidade desde então, cujo concelho regista em 1591 mais de dois mil e setecentos fogos, correspondendo a uns dez mil habitantes e em 1770 aproximadamente 30.000, destacando-se Ponta Delgada dos demais núcleos urbanos do arquipélago, ostentando casas nobres e quintas em seu redor.
A 1 de Março de 1821 alguns intelectuais e outros, conscientes da importância económica de S. Miguel e movidos pela ideia separatista para com a tutela não desejada da ilha Terceira e dos capitães generais, fizeram acontecer uma revolta da qual resultou um governo interino designado por Junta Governativa, logo reconhecido pelo poder central que acatou as reclamações apresentadas, e que mandou fazer em 1822 a divisão do arquipélago em três comarcas com governos independentes, geridos por um corregedor com poderes alargados.
No século XIX tornou-se pertinente a necessidade da construção dum porto artificial adequado a um grande movimento de navios, principal porta de entrada e saída de pessoas e bens da ilha, construção justificada por Antero de Quental que escreveu um artigo a respeito, intitulado “Necessidade de uma doca na Ilha de São Miguel”, publicado a 13 de Abril de 1861 no Aurora dos Açores, sendo lançada, a primeira pedra para a sua construção, a 30 de setembro de 1862.
No século XX, um sismo de grande intensidade, a 1 de maio de 1937, pelas 8h da noite, causou danos da freguesia de São Pedro até à das Feteiras.