微生物資源の探索・活用に資することを目的に、深海底や内湾、干潟などから嫌気性菌の分離培養を行い、得られた新奇（新規）微生物の系統分類や機能解析などについて研究を行っています。 

東京湾などで採取した堆積物より分離した重金属耐性細菌の諸性状を解析し、その機能を活用した重金属の除去に向けて取り組んでいます。

環境浄化などへの利用を目指し、深海底や内湾、干潟などを対象に、原油の凝集や分解、プラスチックを分解する微生物などの研究を行っています。

微生物が産生する界面活性物質はバイオサーファクタント(BS)と呼ばれています。海洋サンプルからBS産生細菌を分離し、BS産生細菌および産生されたBSの諸性状の解析を行っています。

微生物機能のさらなる活用を目指し、アジア圏の水産系発酵食品から分離される乳酸菌を始めとする有用微生物の分類や生物機能（抗菌性物質など）の研究を行っています。

・海藻に出現する異物の防除
・食品クレームの原因となった微生物の特定

・放線菌の産生する新規の抗生物質
・微生物を利用した未利用水産資源の有効活用

・アコヤ貝外套膜の細菌
・ウミガメの腸内細菌相

・大型ナマズ調査

ほか