Το Παγκύπριον Γυμνάσιον λειτουργεί ως Ολοήμερο Σχολείο από τις 07.30 μέχρι τις 15.20, με το εξής πρόγραμμα:
07.30-13.35: Φοίτηση βάσει του υφιστάμενου ωρολογίου προγράμματος Γυμνασίων
13.35-14.00: Διάλειμμα – Μεσημεριανό γεύμα
14.00-15.20: Συναντήσεις Ολοήμερου Σχολείου Διαθεματικής-Διεπιστημονικής Μάθησης (Κατευθύνσεις «STEAM» και «Ελληνική Γλώσσα και Πολιτισμός»)
Για τους/τις εγγεγραμμένους/εγγεγραμμένες μαθητές/μαθήτριες του γυμνασιακού κύκλου του Παγκυπρίου Γυμνασίου η φοίτηση στο απογευματινό πρόγραμμα του Ολοήμερου Σχολείου είναι υποχρεωτική. Εξαιρούνται οι μαθητές/μαθήτριες του γυμνασιακού κύκλου που φοιτούν στο Μουσικό Σχολείο.
Η επιτυχής φοίτηση προϋποθέτει τη συστηματική παρακολούθηση των μαθημάτων του Προγράμματος και την ολοκλήρωση των εργασιών που αναλαμβάνονται σε συνεργασία με άλλους/άλλες μαθητές/μαθήτριες και με τους/τις εκπαιδευτικούς.
Οι Κανονισμοί Λειτουργίας των Δημόσιων Σχολείων Μέσης Εκπαίδευσης και οι Εσωτερικοί Κανονισμοί του Παγκυπρίου Γυμνασίου ισχύουν και εφαρμόζονται καθ’ όλη τη διάρκεια της φοίτησης των μαθητών και μαθητριών στο σχολείο.
Τυχόν στασιμότητα στην πρωινή φοίτηση συνεπάγεται στασιμότητα και στο πρόγραμμα του Ολοήμερου Σχολείου.
Κατά την τρέχουσα σχολική χρονιά, ανέλαβε την παροχή μεσημεριανού γεύματος το Υπουργείο Παιδείας, Αθλητισμού και Νεολαίας, στη βάση συγκεκριμένου μενού, διαφορετικού για κάθε ημέρα. Η συγκεκριμένη παροχή ισχύει για τη φετινή σχολική χρονιά και ενδέχεται μελλοντικά να τύχει τροποποίησης.
ΔΕΥΤΕΡΑ, ΤΡΙΤΗ, ΠΕΜΠΤΗ, ΠΑΡΑΣΚΕΥΗ - 14.00-15.20 (2 περίοδοι των 40 λεπτών)
Την Τετάρτη δεν πραγματοποιούνται συναντήσεις για το Ολοήμερο Σχολείο.
Οι περίοδοι κατανέμονται ως ακολούθως:
Κατεύθυνση «Ελληνική Γλώσσα και Πολιτισμός»
4 περιόδους την εβδομάδα
Κατεύθυνση «STEAM»
Μαθηματικά: 1 περίοδος την εβδομάδα
Πληροφορική: 1 περίοδος την εβδομάδα
Σχεδιασμός και Τεχνολογία: 1 περίοδος την εβδομάδα
Βιολογία: 1 περίοδος την εβδομάδα
Κατεύθυνση «Ελληνική Γλώσσα και Πολιτισμός»
3 περιόδους την εβδομάδα
Κατεύθυνση STEAM
Μαθηματικά: 1 περίοδος την εβδομάδα
Πληροφορική: 1 περίοδος την εβδομάδα
Σχεδιασμός και Τεχνολογία: 1 περίοδος την εβδομάδα
Φυσική: 1 περίοδος την εβδομάδα
Χημεία: 1 περίοδος κάθε δύο εβδομάδες
Βιολογία: 1 περίοδος κάθε δύο εβδομάδες
Το Παγκύπριον Γυμνάσιον λειτουργεί ως σχολείο χωρίς εκπαιδευτική περιφέρεια. Πρόσκληση εκδήλωσης ενδιαφέροντος για εγγραφή στο σχολείο δημοσιεύεται στις αρχές του ημερολογιακού έτους (Ιανουάριο-Φεβρουάριο) στην επίσημη ιστοσελίδα ενημέρωσης της Διεύθυνσης Μέσης Γενικής Εκπαίδευσης του ΥΠΑΝ: http://enimerosi.moec.gov.cy/d/dme Οι ενδιαφερόμενοι/ενδιαφερόμενες αιτητές/αιτήτριες συμπληρώνουν σχετική Αίτηση Εγγραφής, την οποία αποστέλλουν στο Επαρχιακό Γραφείο Μέσης Εκπαίδευσης Λευκωσίας, βάσει οδηγιών.
Πρόσκληση εκδήλωσης ενδιαφέροντος για τη σχολική χρονιά 2023-2024: http://enimerosi.moec.gov.cy/ypp15272
Πρόσκληση εκδήλωσης ενδιαφέροντος για τη σχολική χρονιά 2022-2023: http://enimerosi.moec.gov.cy/ypp13468