Lecture notes

• 分子シミュレーションスクール「反応速度論とマルコフモデル」

Lecture videos

• 岡崎G研究紹介

• 物性研究所スパコン共同利用・CCMS合同研究会「計算物質科学の現在と未来」での講演：「分子シミュレーションとAlphaFoldの統合によるタンパク質構造変化ダイナミクスの解明」（2024/4/4）

• 2022年3月14、15日に開催された日本生物物理学会サブグループ「生体分子シミュレーション・モデリング」の第2回研究会における笹井先生と岡本先生の招待講演

Programs

• diffusion_1D_multistate

Estimates a 1D diffusion model with chemical-state-dependent free energy profile from simulation/single-molecule trajectories. https://github.com/OkazakiLab/diffusion_1D_multistate

• Go-MARTINI

The modified script to construct a Go-MARTINI system. https://github.com/OkazakiLab/Go-MARTINI