Храм, освященный во имя архангела Михаила, служил местом последнего упокоения московских великих князей, русских царей и членов их семей. Архитектор Алевиз Новый возвел здание, подобное Успенскому собору, добавив в декор венецианские мотивы. В храме 54 захоронения, большинство под мраморными плитами пола. Надгробия над ними украшены резными орнаментами. Мощи святых князя Михаила Черниговского и его боярина Федора почитаются как чудодейственные. В особом приделе, построенном Иваном Грозным, лежат он сам, его сын Иоанн, царь Федор Иоаннович.