本館標本蒐藏源自19世紀初期,除了典藏日治時代以及戰後的標本外,1980年開始,在國家科學委員會的支持下,昆蟲學系師生積極展開臺灣昆蟲相調查,使得昆蟲標本數量激增。本館蒐藏之標本超過33萬個體,依性質可概分為模式標本、研究標本、教學標本、展示標本四類。臺大昆蟲標本館豐富又珍貴的昆蟲標本蒐藏,是臺灣昆蟲學發展重要的科學與文化資產。
本館蒐藏內容主要包括蜉蝣目 (Ephemeroptera)、蜻蛉目 (Odonata)、蜚蠊目 (Blattodea)、直翅目 (Orthoptera)、革翅目 (Dermaptera)、襀翅目 (Plecoptera)、半翅目 (Hemiptera)、脈翅目 (Neuroptera)、鞘翅目 (Coleoptera)、雙翅目 (Diptera)、長翅目 (Mecoptera)、毛翅目 (Trichoptera)、鱗翅目 (Lepidoptera) 及膜翅目 (Hymenoptera) 等為主。典藏室僅供昆蟲研究人員申請。
臺大所有數位典藏已整合至「臺灣大學典藏數位化計畫」單一入口。本館蒐藏之模式標本已數位影像化保存於此。
臺灣大學數位典藏資源中心 Digital Archives Resource Center(DARC), National Taiwan University