訓練制度簡介
本所僅開設碩士學程，碩士班設置甲、乙組。入學管道經由國立臺灣大學研究所招生考試。分組於入學後，評估學生志趣後決定。
甲組為「三年碩士課程合併獸醫病理住院醫師訓練」（combined program），招收對獸醫解剖病理（anatomic pathology）實務訓練及對比較病理生物研究有興趣的獸醫學系所畢業生。乙組為「二年碩士課程」，招收獸醫學系所或對比較醫學研究有興趣具生命科學背景之畢業生；乙組之獸醫系所畢業生，可依據個人志趣，與指導教授討論後，以選修課程方式參與獸醫解剖病理實務訓練。
人員配置
碩士班甲組學生，為研究生兼任病理住院獸醫師，依照年資分成第一年、第二年、第三年病理住院獸醫師。每年1-2名。
碩士班乙組學生選修病理輪值者，依照年資分成第一年、第二年研究生。
另設置1名「病理總獸醫師」，負責教學、外科病理輪診、醫療解剖、住院醫師訓練之各項行政事宜之安排與調度。
課程內容介紹
本所碩士班課程，主要分幾大類：分子比較病理生物學、病理住院獸醫師訓練課程、病理次專科診斷醫學課程、實驗動物醫學課程、轉譯醫學課程，有助學生奠定核心能力。
碩士班學生將具備分子比較病理生物學研究能力，包括：分子比較病理生物學研究能力、病理住院獸醫師訓練及診斷能力（甲組為主，乙組獸醫系所畢業選修）、具備獸醫病理次專科及診斷醫學訓練及診斷能力（選修）、具備實驗動物醫學研究能力（選修）、具備轉譯醫學研究能力（選修）。
訓練內容
獸醫外科病理診斷實務：組織修整、切片觀察、診斷及報告撰寫。
獸醫病理解剖及診斷實務：解剖技術、組織修整、切片觀察、診斷及報告撰寫。
獸醫病理次領域之探索：可修習多元病理或分子病理有關課程，探索未來職涯。
獸醫病理教學：實際參與大學部實習課程教學，教學相長以精進病理診斷之技能。
訓練特色
我國少數行之有年提供完整獸醫病理住院醫師訓練的訓練制度。
參與病理輪值的研究生，可以實際與至少6位資深病理醫師看切片，從中學習組織病理診斷經驗。
參與病理輪值的研究生，有機會接觸多種動物的病理解剖工作，包含：伴侶動物、異域寵物、動物園動物、經濟動物。
職涯規劃
甲組同學將接受三年兼任病理住院醫師訓練，學生畢業後將參加獸醫病理專科醫師的證照考試，其訓練及畢業後的就業，將可到動物醫院、研究單位及相關生技及醫藥產業任職，並可擔任病理獸醫師，執行診斷及組織切片判讀工作。乙組同學可在公私立研究或研發單位任職。由於畢業生有處理及接觸動物或了解動物疾病的經驗及訓練，在未來生技及生醫產業中，將有其特殊的優勢。