自工程構想發起初期即將生態環境因素以及民眾意見納入整體工程規劃及考量，於工程規劃設計時由生態專業人員協助確認工程的生態議題與棲地評估，雙方透過鑲嵌式合作溝通方式，並結合各領域專家顧問群研擬適當生態保育對策方案，以減輕工程對環境生態衝擊，並達到維護生物多樣性與棲地環境品質。

本團隊基本資料蒐集由流域、河段、計畫區逐步聚焦，確實掌握周邊潛在議題。流域單元，透過法定自然保護區、國內既有生態資料庫、生物多樣性調查報告等資料，篩選出高生態價值與生態敏感區位。各河段環境特性皆不同，水利署河川情勢調查提供充足資料，配合學術民間團體關注生態議題，掌握計畫區潛在生態議題與關注對象。計畫區周邊相關報告往往提供最新資訊，訪談當地居民瞭解當地環境。 

生態調查團隊視工程種類、所屬區位、生態敏感度等因子，規劃生態補充調查執行方式，全面調查指認生態保全對象，包含關注物種、關注棲地及高生態價值區域等，避免工程施作無意間的破壞。另可視現場情況架設紅外線相機記錄關注物種，以全面掌握現況盤點生態議題。

積極主動與地方意見領袖、在地居民與NGO環保團體進行訪談溝通，評估潛在生態課題、確認工程範圍及週邊環境之生態議題與生態保全對象。透過成立工作坊等形式，公開說明規劃設計構想，並彙整民眾意見與建議後，將參採之意見納入規劃設計中。