Museum Nasional Indonesia memiliki sekitar 141.899 koleksi benda.
Jenis-jenis koleksinya terdiri dari 7 kategori utama:
Kategori ini berisi benda-benda peninggalan manusia dari masa sebelum mengenal tulisan. Isinya meliputi fosil manusia purba, alat batu dari berbagai zaman prasejarah, temuan dari gua-gua hunian, tulang hewan purba, hingga replika kehidupan manusia prasejarah. Koleksi ini membantu menjelaskan bagaimana manusia Nusantara hidup, berburu, membuat alat, dan berkembang sejak zaman batu hingga perunggu.
Bagian arkeologi memuat peninggalan masa Hindu–Buddha dan klasik Nusantara. Koleksinya mencakup arca-arca batu dan perunggu, prasasti, relief candi, alat ritual, serta benda-benda yang ditemukan dalam penggalian situs arkeologi. Koleksi ini menggambarkan perkembangan kerajaan kuno seperti Sriwijaya, Mataram Kuno, Kediri, Singhasari, hingga Majapahit.
Kategori ini terdiri dari berbagai keramik dari China, Jepang, Thailand, Vietnam, Timur Tengah, serta keramik lokal Indonesia. Koleksinya mencakup mangkuk, guci, piring, kendi, vas, dan peralatan upacara. Banyak keramik berasal dari masa perdagangan internasional sejak abad ke-9 hingga ke-19, menunjukkan hubungan dagang Nusantara dengan dunia.
Bagian ini berisi benda-benda terkait mata uang dan simbol-simbol kenegaraan. Koleksinya meliputi koin kuno dari kerajaan Nusantara, uang kertas dari masa kolonial, medali, meterai, lambang kesatuan, hingga benda bertanda kekuasaan resmi. Koleksi ini menggambarkan perkembangan ekonomi, politik, serta sistem pemerintahan dari masa ke masa.
Kategori sejarah berisi benda-benda yang terkait dengan perjalanan bangsa Indonesia pada masa kerajaan, kolonial, hingga kemerdekaan. Isinya meliputi naskah kuno, senjata tradisional, pakaian bangsawan, peralatan kehidupan sehari-hari, dokumen penting, serta artefak yang berhubungan dengan tokoh-tokoh sejarah. Koleksi ini menunjukkan dinamika sosial, budaya, dan politik wilayah Nusantara.
Etnografi memamerkan kekayaan budaya dari berbagai suku bangsa di Indonesia. Koleksinya meliputi pakaian adat, rumah adat dalam bentuk miniatur, alat musik, peralatan berburu dan bertani, senjata tradisional, perlengkapan upacara adat, serta benda-benda spiritual. Bagian ini menampilkan keberagaman budaya Indonesia dari Sabang sampai Merauke.
Kategori ini berisi benda-benda yang berkaitan dengan kondisi alam dan geografi Indonesia. Koleksinya mencakup batuan, mineral, peta kuno, globe, alat navigasi, serta model topografi wilayah Nusantara. Koleksi ini memberikan gambaran tentang kekayaan alam Indonesia dan bagaimana manusia memahaminya sejak masa lalu.