Museum Nasional Indonesia berawal dari pendirian Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen pada 24 April 1778. Organisasi ilmiah yang dibentuk oleh para cendekiawan Belanda tersebut bertujuan untuk meneliti, mengumpulkan, dan melestarikan berbagai benda budaya, ilmiah, dan sejarah dari wilayah Nusantara.

Koleksi yang semakin berkembang membuat pemerintah kolonial memerlukan tempat penyimpanan yang lebih luas dan layak. Karena itu, pada pertengahan abad ke-19 dibangun sebuah gedung khusus di Jl. Medan Merdeka Barat, Jakarta. Gedung ini kemudian resmi dibuka untuk umum pada tahun 1868, menjadikannya salah satu museum tertua di Asia Tenggara.

Setelah Indonesia merdeka, museum ini berada di bawah pengelolaan pemerintah Republik Indonesia dan terus berkembang sebagai pusat penelitian, edukasi, serta pelestarian warisan budaya nasional.