En la actualidad, tiene un rango de distribución reducido, hallándose únicamente en tres cuerpos de agua específicos: los canales de Xochimilco (donde el clima es templado y subhúmedo), el lago Chalco y el lago Chapultepec.
El ajolote mexicano necesita de un hábitat de aguas profundas, ya sean lagos naturales o canales artificiales con presencia de abundante vegetación, la cual utiliza para su reproducción pero también muchas veces para camuflarse en los fondos acuáticos.
El ecosistema para su desarrollo debe ser estable, en la composición como en el flujo de agua. La turbidez, la concentración de oxígeno y la temperatura que no excedan los 20 y 22o C son requerimientos importantes para el hábitat del ajolote mexicano. El ajolote es una especie nativa y endémica de la Ciudad de México (CDMX).