Primer Generator for inverse PCR.
点変異入れ太郎
inverse PCR を用いてプラスミドに点変異を導入する際（いわゆる Site Directed Mutagenesis）に使うプライマーを設計します。
詳しい説明は下の方に記載しています。Please see the usage in English below.
【使い方】
目的の遺伝子を含むベクター全体の配列を入力してください。
目的遺伝子の配列を入力してください。必ずコドンの読み枠が合うように３の倍数で入力してください。
変異を入れるアミノ酸の残基番号を入力してください。
変異を入れた後のアミノ酸を大文字位置文字表記で入力してください。
[ SUBMIT ] を押すと結果が出ます。
一応、結果をご自身で確認してからプライマーを作製してください。
総合スコア = コドン頻度スコア x 切断スコア / 変異数スコア
コドン頻度スコア = 探索範囲のコドン頻度の和。多いほどよい。
切断スコア = 変異導入の前後でのバンドパターンのわかりやすさ。"いい感じ関数" から計算される。
変異数スコア = 変異残基の数。少ないほどよい。
コドン表、頻度は分裂酵母のものを使用しています。必要であれば詳細設定から書き換えてください。制限酵素リストも書式通りに追加するとお好みの酵素についても検索できます。入力された情報はブラウザ上でのみ使用されます。古いブラウザでは動かない可能性があります。不具合があればご連絡ください。
【Usage】
Input whole nucleotide sequence of your plasmid containing your interest gene.
Input the nucleotide sequence of the gene. It should be multiple of three and readable frame.
Input the residue number that you want to mutate.
Input the mutated residue as a single and upper case character.
Submit and the result will be shown.
Before you use the result, please check it by yourself.
総合スコア Over all score = Codon usage score x Digestion score / Mutation number score
コドン頻度スコア Codon usage score: Sum of the frequency of codons in the searched region. The more the better.
切断スコア Digestion score: Clearness of band pattern before and after mutation. It is calculated from "nice function".
変異数スコアMutation number score: Number of mutation. The less the better.
It use the codon table of fission yeast. If you need rewrite it in the detail settings （詳細設定）. You can modify the list of restriction enzymes. Your submitted inputs are handled only on your browser. If you have any problem, please contact me.