Al in 1912 werd er in het Atheneum rekening gehouden met een mogelijke oorlog. Er waren toen al enkele bijeenkomsten over verdediging en brandveiligheid. Toen de oorlog echt begon in augustus 1914, werd snel gekeken wie van het personeel kon blijven lesgeven. Op 19 augustus kwamen de eerste Duitse soldaten Leuven binnen. Een paar dagen later nam majoor von Manteuffel de controle over de stad over. Alles stond onder Duits gezag, ook het onderwijs. Dat betekende het einde van politieke vrijheid. Zelfs gebouwen zoals La Constance werden in beslag genomen. 

De Duitsers gingen hard tekeer: ze plunderden wijken en staken ze daarna in brand. Leuven werd op 27 augustus zwaar gebombardeerd, en daarmee gingen duizenden boeken en unieke manuscripten van de universiteitsbibliotheek verloren. De Naamsestraat werd grotendeels verwoest, maar het Atheneum zelf bleef gespaard. De École industrielle, gevestigd in het Drutiuscollege, werd wel vernietigd en haar leerlingen kwamen tijdelijk in het Atheneum terecht. Sommige leerkrachten kregen persoonlijke klappen. Zo werd het huis van leraar Kleintjens geplunderd en in brand gestoken. 

Op 9 september probeerde von Manteuffel de schade te beperken met nieuwe regels: geen plunderingen of brandstichting meer, en soldaten mochten zich niet meer alleen op straat begeven. Maar voor veel mensen was het al te laat, het vertrouwen in de Duitsers was weg. Tegelijkertijd begon het activisme aan kracht te winnen. De grote vraag: moest het Atheneum meedoen met de vernederlandsing onder Duits toezicht? 

Studieprefect Gelders was eerder voorstander van voorzichtigheid. Hij hield zich aan de taalwet van 1911, die een dubbel taalsysteem toeliet. De meeste leerkrachten en ouders vonden dat prima. Maar in 1916 veranderde alles toen Hypoliet Meert, een activist, de leiding kreeg over het Nederlandstalig middelbaar onderwijs. Hij wilde het Franstalige systeem zo snel mogelijk afbouwen. Meert werkte samen met activistische leraren zoals Leemans en Goemans, die een eigen kring vormden binnen de school. Ze vonden zichzelf vooruitstrevend en zagen tegenstanders als ‘behoudsgezind’. Leemans werd gewaarschuwd omdat hij zijn activistische mening openlijk deelde tijdens de les. Daarna ging hij naar Brussel om steun te zoeken bij Meert. 

Vanaf dan ging alles heel snel: vanaf oktober 1916 moest correspondentie in het Nederlands of Duits, in februari 1917 moesten alle Franstalige stempels weg, en in juli 1917 moesten klasdagboeken volledig in het Nederlands ingevuld worden. De echte knal kwam op 16 oktober 1917: Gelders werd ontslagen als studieprefect en vervangen door Goemans, die ook nog eens activistisch voorzitter werd van het Katholiek Vlaams Verbond van Leuven. 

Goemans liet meteen het tweetalige opschrift voor het schooljaar verwijderen. Er kwamen plannen voor cursussen ‘taalzuivering’. Franstalige leerlingen zoals Aymé Deprez werden zelfs de toegang tot het internaat geweigerd. Goemans vond: “Hoe minder Waalse leerlingen, hoe beter.” In één jaar daalde het aantal leerlingen van 297 naar 139 – iets waar hij trots op was. Toch liep het voor Goemans niet meer goed. Hij kreeg zijn kosten voor huisvesting en licht niet terugbetaald en voelde dat het einde van de bezetting eraan kwam. In november 1918 vroeg hij snel nog drie maanden betaald verlof aan. Daarna verdween hij. Na de oorlog werd hij eerst opgesloten, dan vrijgesproken, en uiteindelijk toch veroordeeld voor collaboratie. Zijn zoon sloot zich later aan bij het Vlaams Blok. Meert werd later bij verstek veroordeeld tot 20 jaar dwangarbeid. 

Op 25 november 1918, na de terugtrekking van de Duitsers, riep Gelders de leraren die trouw waren gebleven bijeen. Hij nam meteen afstand van Goemans en het Duitse bewind. Hij vroeg de minister om de school te zuiveren van iedereen die had samengewerkt met de Duitsers – zowel leerkrachten als leerlingen. Hij zorgde voor een herdenking in de vorm van een monument en een brief. Met een rode stift trok hij een streep onder de laatste aantekeningen van Goemans. Hij zei dat sommige leraren, zoals Leemans, Smits en Hochaux, te nauw samenwerkten met de activisten. Anderen, zoals surveillant Maes, hadden zelfs leerlingen verklikt bij de Duitsers. 

De school bleef gesloten tot Nieuwjaar. Op 29 april 1919 nam Alphonse Bormans het roer over. Hij was streng, rechtvaardig en een echte levensgenieter met zijn sigaren en biljart. Hij werd voorgedragen door Gelders en nam zijn taak serieus. Hij stond voor de uitdaging om het Atheneum, dat altijd een mix was geweest van Frans en Nederlands, opnieuw op te bouwen.