Kegiatan ekstrakurikuler merupakan salah satu alat pengenalan siswa pada hubungan sosial. Di dalamnya terdapat pendidikan pengenalan diri dan pengembangan kemampuan selain pemahaman materi pelajaran. Berangkat dari pemikiran tersebut, MIN 3 Brebes menyelenggarakan berbagai kegiatan ekstrakurikuler seperti pada gambar dibawah ini