MIN Bangbayang semula adalah Madrasah Ibtitidaiyah yang dikelola oleh Masyarakat yang tergabung dalam sebuah yayasan yang bernama Miftahul Huda pimpinan Ust. Nukri, yang didirikan  sejak tahun  1968. Karena berada dibawah pengelolaan yayasan Miftahul Huda maka Madrasah itu diberi nama ”Madrasah Ibtidaiyah (MI) Miftahul Huda, Berdirinya Madrasah pada saat itu merupakan jawaban dari kebutuhan Masyarakat desa Bangbanyang yang mengharapkan terwujudnya lembaga pendidikan yang mampu memberikan bekal kemampuan kepada putra-putri desa bangbayang agar memiliki bekal pengetahuan umum dan agama.

Diawal berdirinya Madrasah Ibtidaiyah (MI) Miftahul Huda mendapatkan sambutan yang menggembirakan dari masyarakat ini dapat dilihat dari animo masyarakat Bangbayang untuk menyekolahkan putra-putrinya di MI, yang bukan hanya berasal dari lingkungan Bangbayang saja, tetapi juga masayarakat dari lingkungan tetangga desa, dalam rangka mendekatkan pelayanan pendidikan ke desa terdekat itu maka pada tahun 1987 dibentuk kembali Madrasah didukuh cilinduk desa Jipang.

Disertai harapan agar pengelolaan pendidikan didesa Bangbayang ini semakin baik maka berdasarkan musyawarah yayasan dan masyarakat desa Bangbayang maka diusulkannyalah MI Miftahul Huda ini agar dapat dijadikan sebagai Madrasah ibtidaiyah Negeri. Usulan Masyarakat desa Bangbayng untuk mendapatkan Madrasah Negeri menjadi kenyataan dengan keluarnya SK Menteri Agama No. 515 A/1995, yang memberikan penetapan bahwa sejak tanggal 25 Nopember Tahun 1995, MI Miftahul Huda desa bangbayang berubah status Menjadi Madrasah Ibtidaiyah Negeri (MIN) Bangbayang .

 Semangat Penyelenggaraan kependidikan Madrasah didesa Bangbayang ini juga diteruskan oleh generasi penerusnya, yang berharap bahwa pengelolaan dan penyelenggaraan kependidikan di MIN Bangbayang itu harus lebih maju dari sebelumnya oleh karena itu diusulkannyalah peningkatan status MIN bangbayang ini menjadi Madrasah Ibtidaiyah Negeri (MIN) Model. Gayung bersambut pada tahun 1999 berdasarkan SK Dirjen Binbaga Islam No E/242A/1999 tertanggal 22 Agustus 1999, melalui proyek ”Basic Education Project (BEP)” MIN Bangbayang ditetapkan sebagai salah satu dari 24 MIN yang dinyatakan layak menjadi MIN Model di Indonesia .

Berdasarkan KMA 810 Th 2017 tentang Perubahan  Nama-nama Madrasah Negeri Provinsi Jawa Tengah, MIN Bangbayang berubah menjadi MIN 3 Brebes.