Patrones

Participantes en el grupo de trabajo

Hugo Sarmento, Cecilia Alonso, Irina Izaguirre, M. Victoria Quiroga, Sebastian Metz, Paula Huber, Maria Eugenia Llames, Daniela Figueroa, Inessa Bagatini, Bruno Wanderley, Pedro Junger, Juan Pablo Niño García, Luciana Raggi

De qué partimos?

Hay un buen set de muestras de NGS 16S y 18S y de citometría de distintos ambientes.

Se discutieron varias ideas:

a) Analizar el porcentaje de cosas nuevas en nuestras bases de datos comparando con otras bases.

b) Ver si encontramos diferencias en ese porcentaje a distintos niveles

c) Ver si los biomas identifican microbiotas

d) Llegar a identificar grupos que identifiquen distintos ambientes a distintos niveles taxonómicos.

e) Posteriormente incluir la diversidad citométrica

Trabajar a distintos niveles de resolución taxonómica

Secuencia de trabajo que plantea el grupo:

1) Hacer una base de metadatos

2) Hacer una base de datos con el mayor nivel de resolución y lo más completa posible MicroSudAqua y usar esa base de datos para poner a prueba distintas hipótesis.

3) Comparar con otras bases de datos. Comparar con los datos boreales (ej. Canada).

4) Ver los patrones que obtenemos con diferente resolución taxonómica

5) Paralelamente ver si podemos encontrar algún tipo de correspondencia con los biomas

6) Tener una base de datos MicroSudAqua lo más completa

Resumen de los productos que se van a generar

1) Armado de la tabla de metadatos y de datos

La prioridad es armar la base de datos para analizar qué porcentaje de cosas nuevas tenemos. Se incluirán datos que ya están publicados de Sudamérica.

Vamos a trabajar con swarm. La idea es hacer el swarming primero por separado para cada sistema, y luego en conjunto.

En los casos de que tenemos muchas muestras de un mismo sistema, se incluirán en la base de todos los datos.

Haremos una tabla de metadatos con toda la información que necesitamos según el siguiente esquema:

Sebastian Metz y Juan Pablo quedan a cargo de la adecuación de los datos de secuencias para prepararlos para la puesta a punto del pipeline de análisis.

Físicamente donde subir la información:

Al principio en el servidor de Hugo Sarmento – Hugo va a configurar el usuario para MicroSudAqua

Plazos y responsables para las tareas

última semana de diciembre: envío de la propuesta de la tabla de metadatos. Veronica Molina y Martha Hengst

Fines de marzo: llenado de la tabla de metadatos (todos)

Subir los datos: hasta fines de mayo (todos)

Buscar los datos ya publicados: revisión en el laboratorio de Hugo Sarmento y bajar las secuencias

Redacción de los términos de referencia acuerdo para las secuencias que no están publicadas. Cecilia Alonso.

2) SudAqua Libre:

Ofrecimiento gente que no tenga recursos para secuenciar pero que vea que existe la oportunidad en sitios interesantes, pueda enviar a secuenciar sus muestras para que la red las procese

a) Ofrecimiento de secuenciación de nuevas muestras

b) Ofrecimiento del análisis informática

3) Armado de fórum de intercambio. Tener un foro para que la red pueda interactuar de manera ágil. Paul del Giorgio

4) Mapa de sitios: Volcado de los sitios de donde tenemos muestras en un mapa para ver la distribución (María Llames, Irina Izaguirre).

5) Microcréditos MicroSudAqua para secuenciar en alguna empresa a convenir. María Llames

6) Evaluación de las empresas de secuenciación para ver la mejor relación calidad/precio, y negociar como red.

Organizar cursos de postgrado y talleres

Se va a trabajar en nodos con responsables de los países participantes