Abad XVI (1516 M), Kerajaan Sadurangas yang kemudian dinamakan Kesultanan Paser, berdiri dan dipimpin oleh seorang wanita (Ratu I) yang dinamakan Putri Di Dalam Petung. Wilayah kekuasaan kerajaan Sadurangas meliputi Kabupaten Paser yang ada sekarang, ditambah dengan Kabupaten Penajam Paser Utara dan sebagian Provinsi Kalimantan Selatan.

1523 M, Perkawinan Putri Di Dalam Petung dengan Abu Mansyur Indra Jaya (pimpinan ekspedisi agama Islam dari kesultanan Demak) memperoleh empat orang anak, yaitu Aji Mas Pati Indra, Aji Putri Mitir, Aji Mas Anom Indra dan Aji Putri Ratna Beranak.

Sampai dengan 1959, wilayah Paser berstatus kewedanaan di dalam wilayah Provinsi Kalimantan Selatan.

Undang-undang No. 27 tahun 1959 tanggal 29 Desember 1959, Wilayah Paser direstui dan diresmikan Kepala Daerah Swatantra Tingkat I Kalimantan Selatan menjadi daerah otonom, meliputi sembilan kecamatan dan terdiri dari 91 desa dan ditetapkan sebagai hari jadi Kabupaten Paser.

3 Agustus 1961, Daerah Swatantra Tingkat II Paser dimasukkan ke dalam wilayah Kalimantan Timur.

PP No. 21 Tahun 1987, tanggal 13 Oktober 1987, Kabupaten Paser yang semula terdiri dari sembilan Kecamatan menjadi 10 kecamatan yaitu dengan dimasukkannya Kecamatan Balikpapan Seberang dari wilayah Kotamadya Dati II Balikpapan ke wilayah Paser, dengan nama Kecamatan Penajam.

Undang-undang No. 7 Tahun 2002, Tentang Pembentukan Kabupaten Penajam Paser Utara di Provinsi Kalimantan Timur (Lembaran Negara Tahun 2002 Nomor 20, Tambahan Lembaran Negara Nomor 4182), di mana empat wilayah kecamatannya, yaitu: Kecamatan Babulu, Kecamatan Waru, Kecamatan Penajam dan Kecamatan Sepaku berpisah dari Kabupaten Paser dan menjadi Kabupaten Penajam Paser Utara.