Seminar

【第１５回　大学院生による自主ゼミ】

皆さま

明治大学生命科学科若手の会です。

進学について興味がある、進学後の就職に不安・不透明感がある方を対象に「先輩大学院生・就職予定者の“生の声”を直接聞いて、不安・疑問を解消できる」イベントを開催します！！！

■イベント詳細

大学院生と考える「進学／就職」選択とキャリアパス

日時

2025年8月8日（金）15:10–17:00（4限）

場所

第一校舎6号館 2階 6‑208教室

■イベント詳細

博士進学予定者

• 砂本 真名人（河野研 M2）

博士進学者

• 山崎 勇輝（乾研 D1）*登壇者変更

就職予定者

• 山下 泰（河野研 M2／メーカー・理系総合職）

• 古田 珠玲（賀来研 M2／メーカー・R&D）

• 齋藤 佑奈（賀来研 M2／大学業界・事務系総合職）

■プログラム

1. 登壇者自己紹介

2. 事前にアンケートで集めた質問に回答

3. 個別質問タイム（1 on 1）

4. 懇親会・交流会（18:00〜 @2号館2階 2‑202教室）

懇親会ではご飯を食べながら交流しましょう！！！

■お申し込み方法

以下フォームよりお申込みください（所要約1分）

▶︎【参加応募フォーム】

https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSe64w4notzfo-vtwpRzWfBo8287exE_n9WYBhMFqQNih4t-qQ/viewform?usp=header

■ お問い合わせ

meiji.seimei.wakate@gmail.com

大学院進学・就職いずれを選ぶにしても、「先輩のリアルな声」は大きなヒントになります。ぜひ奮ってご参加ください！

明治大学生命科学科 若手の会 幹事一同

【第１４回　大学院生による自主ゼミ】

【第１３回　大学院生による自主ゼミ】

講演タイトル：植物が長期の乾燥条件下で急いで次世代を残す生存戦略

発表者：片桐壮太郎

主な経歴：東京農工大学農学部を卒業後、同大学の大学院生物システム応用科学府にてPhDを取得。現在は、特定国立研究開発法人理化学研究所 環境資源科学研究センターの特別研究員として活躍中。

日時：3月3日（月）15:30-17:00

場所：6-207教室 （終わり次第交流会@2-202教室）

発表内容：

植物は周囲の乾燥を感知すると、気孔を閉じ、生長を抑制することで乾燥に耐えるための応答を行います。しかしながら、乾燥が長期化した場合にはいつまでも耐え続けるわけにはいきません。そこで、長期の乾燥条件下では、急いで花をつけ、次世代の種子を残す戦略をとります。これはDrought escape (乾燥逃避) と呼ばれる適応戦略として知られていましたが、植物がどのように長期間の乾燥を認識して、戦略を使い分けているのかについては解明されていませんでした。

一方で私たちは、植物が持つ機能未知タンパク質SNS1に着目して、このタンパク質が乾燥条件下で担っている役割について調査していました。このSNS1の機能解析をしていくと、長期間の乾燥条件下で花成関連遺伝子の発現誘導や、生長に関連した遺伝子を誘導する一方、乾燥ストレス耐性遺伝子の発現は抑制することを発見しました。このことから、SNS1は長期の乾燥条件下で乾燥応答戦略の切り替えを担っていると考えられます。本発表では、逆遺伝学的な解析によってSNS1の機能を調査した結果とその方法を紹介させていただきます。 

【第１１回　大学院生による自主ゼミ】

講演タイトル：ゲノム編集を活⽤した致死性変異を⽣じる遺伝⼦ の⽣存可能なhypomorphic mutant alleleの作出  

講演者：⽯⽥ 喬志 先⽣ （熊本⼤学⼤学院先端科学研究部 准教授）

（HP: https://sites.google.com/view/ku-ishida-lab/home）

日時：12⽉11⽇(⽔) 15時30分〜17時 

場所：2号館 200教室（終わり次第交流会@2-202教室） 

講義内容：

　現代の分⼦⽣物学において、遺伝学的解析は重要な研究技術である。特に植物分⼦⽣物学分野では、特定の遺伝⼦の機能解析に際して、機能⽋失型変異体を取得してその表現型を分析し、観察された異常とそれを担う分⼦機構との繋がりを解明するアプローチが広く利⽤さ れている。この点において、遺伝⼦破壊株のリソース整備や、ZFN/TALEN/CRISPR-Cas9な どのゲノム編集技術の発達は⽣物学の発展に⼤きく貢献してきた。これらの⽅法は⼀般的に、⻑⼤な配列を遺伝⼦配列中に挿⼊したり、コード領域への塩基の挿⼊や⽋失によってフレー ムシフトを引き起こしたりすることで、機能的なタンパク質の⽣産を阻害し、遺伝⼦機能を ノックアウトする。こうした技術は多くの場合⾮常に有効であるが、⼀部の細胞周期制御因⼦などは機能喪失が致死的な影響をもたらすため、遺伝⼦破壊株を取得することが出来ない。 RNAiなどの遺伝⼦ノックダウンの⼿法は有効な解決策であるが、RNAiツールの構築や安定したノックダウン植物系統の確⽴には多くの⼿間がかかる。そのため、より簡便に狙った遺伝⼦の機能を部分的に抑制する⽅法の開発は多様なリソースの構築及び研究の発展に寄与する 可能性がある。 

　我々はゲノム編集⼿法を応⽤し、シロイヌナズナにおいて機能⽋失が致死的な影響を⽰す 遺伝⼦の⽣存可能なhypomorphic mutant allele作出を試みている。最近、RNAスプライシ ング部位を⽋失させることでhypomorphic mutant alleleが⽣じる可能性を考案して検証し た。HIGH PLOIDY 2 (HPY2)は細胞周期の正常な進⾏を制御するSUMO E3 ligaseをコード する遺伝⼦であり、null alleleおよびhypomorphic alleleが報告されている。この遺伝⼦をモ デルケースとしてゲノム編集を試み、強度の矮性を⽰す変異体2系統とややマイルドな成⻑遅 延を⽰す変異体1系統を取得した。これらの変異体は、それぞれ既報のnull alleleおよび hypomorphic alleleと同程度の成⻑遅延を⽰した。さらに多⾯的な形態の分析からも、本研 究で得られた変異体と既報の変異体との表現型の類似性が確認された。これらの結果から、 RNAスプライシング部位をゲノム編集によって改変することでhypomorphic mutant allele を作出できる可能性が⽰された。 

　本講演では、これらの成果に加え、他の致死性変異を⽣じる遺伝⼦への応⽤や、新たなアプローチによるhypomorphic mutant allele作出の試みについても議論したいと考えている。 

Yoshimura, M., Ishida, T. Generation of viable hypomorphic and null mutant plants via CRISPR-Cas9 targeting mRNA splicing sites. J Plant Res (2025/in press). 

【第１０回　大学院生による自主ゼミ】

講演タイトル：時間生物学への招待

〜ボクが概日リズム(circadian rhythm)にはまってしまった理由〜 

講演者：渡辺 和人 先生（明治大学・農学部・動物生理学研究室 [中村研] 客員研究員、元獨協医科大学・医学部・生理学教室　准教授） 

日時：12月5日（木）15:30-17:00 

場所：６号館　207教室（終わり次第交流会@2-202教室） 

<講演内容>

　最初の三分の一くらいは、「時間生物学」あるいは「概日リズム(circadian rhythm)」の概説を、自己紹介や自分がこの分野にはまってしまった理由も含めてお話しします。その後、自分が30年以上にわたってかかわってきた「哺乳類概日時計中枢の培養」についてお話しします。

　哺乳類の概日時計中枢は脳内視床下部の視交叉上核にあります。この視交叉上核を取り出して培養し、in vitroでリズムを発現させる系を確立しました。この系を用いてわかってきたいくつかのトピックを取り上げて紹介したいと思います。皆さんの研究に役立つような「最新の研究方法」というのはありませんが、「時間生物学」というものの考え方に親しんでいただければ幸いです。

　残りの時間で、若い皆さんが進む方向や、研究というもののあり方について、自分なりに思うところを述べたいと思います。 

【第９回　大学院生による自主ゼミ　~produced by 高橋先生~】

講演タイトル：Restoring a damaged root stem cell niche

講演者：Lieven De Veylder 教授（Center of Plant Systems Biology, VIB, Gent, Belgium）

日時：12月 2日 (月) 15時30分～17時

場所：６号館　207教室

発表言語：英語

<講演内容>

Injury-induced regeneration represents a self-preserving mechanism over many lifeforms. Among the metazoans regeneration is frequently restricted to tissue repair. Contrary, plants display an unrivalled regeneration capacity that not only restores damaged tissues and organs, but can also give rise to whole plant bodies, allowing them to survive severe stress conditions. This unmatched regeneration competence is intrinsically linked to the ability to maintain functional stem cells. Previously, we identified within the model plant Arabidopsis thaliana the ERF115 transcription factor as a unique regulator that is instantly induced by wounded cells and that plays an essential role in the replenishment of damaged stem cells. Upon its induction, ERF115 activates cell divisions that replenish the collapsed stem cells, in such manner aiding full stem cell niche recovery upon root tip excision. To understand the molecular mechanism by which ERF115 allows tissue recovery, we identified downstream target genes. Additionally, to understand map the evolutionary importance of the wound induced regeneration pathway, we identified and characterized ERF115 orthologous proteins in other plant species, to increase their regeneration potential.

<Speaker introduction>

Lieven De Veylder is a Belgian professor at the Ghent University (since 2008) and principal investigator at VIB-UGent Center for Plant Systems Biology (2002). Currently, he is running a lab with 8 PhD students, 7 Postdocs, 1 Staff scientist and 1 Technician, and has been the promoter of 27 defended doctorates. He also teaches Gene Technology, Plant Functional Genomics, The Eukaryotic Cell Cycle, and Plant Cell Biology at Ghent University. He is as well the president of the Examination committee of the Biochemistry & Biotechnology education programs at Ghent University, overseeing > 350 students. His research interests are DNA damage checkpoint control and stem cell regulation. Lieven De Veylder has 185 peer-reviewed papers and has a lifetime citation of 13,730, with an H-factor of 65. He has 22 patent applications, of which 9 currently have been granted. In 2010 he was acknowledged ASPB Top Author for The Plant Cell, and in 2015 for The Plant Cell and Plant Physiology. In 2022 he was awarded an ERC-Advanced grant for studying cell regeneration in poplar. 

【第８回　大学院生による自主ゼミ】

講演タイトル：数理との融合，壁と扉 〜防災数学とその周辺〜

講演者：市田 優（関西学院大学理学部数理科学科　助教）

（HP：https://sites.google.com/view/yuichida）

日時：11月12日（火）15:30-17:00（40分程度の予定）

場所：6-207教室 （終わり次第交流会@2-202教室）

＜講演内容＞

自然現象，社会現象における「なぜ」という疑問に論理的に説明できることを目指し，その表現方法として数学は古くから発展してきた．数学から興味のある現象を知りたいと思ったとき，数理モデルを用いることは有力なアプローチの1つとなる．すなわち，数理モデルを構築し，それを数学解析・数値シミュレーションし，モデルの妥当性を検証し，必要に応じてモデルを修正し，解析し，比較検証することを繰り返すことである． しかし，多くの現象は複雑な要因が絡み合っており，数理モデル構築や妥当性を検証する上で現象の本質を捉えるためには実験数理融合という分野横断による協働での現象の理解が重要である．

本講演では，「広い意味での災い」を防ぐという意味で「防災」の名の下で実験数理融合アプローチを展開する「防災数学」を1つの軸として，数理との融合について議論したい．加えて，講演者が最近取り組んでいる「ペースト状人工骨」，「環境配慮型害虫駆除のための政策提言」，「スマホなどの現代機器の性能向上」の問題の中でホットな話題をいくつか提供したい．

＜補足＞

市田さんは明治大学 理工学研究科 数学専攻出身で、学振DC1飛び級して学振PD助教（現職）をされているエリートです！生物学専門の人向けの話をセミナーしてもらうため、数学受験してこなかった私でもわかるレベルの話（数式なし）にしてもらっています。意外と自分の研究テーマも数学的アプローチできるかも？と思えるような内容なので、ぜひお気軽にご参加ください！ 

【第6回　大学院生による自主ゼミ】

タイトル：社会シミュレーションによる社会課題への取り組み

日時：7月4日（木）15時半から17時

場所：6-206教室

発表者：柴田加菜子さん

---明治大学商学部を卒業後、同大学先端数理科学現象数理学科に転科して博士前期課程を卒業---　　　　

＜発表内容＞

　社会課題とは、人種差別問題や貧困問題などの個人だけでは解決できないような社会において発生する問題です。しかし、これら社会課題が「解決された」ことはあるでしょうか？

細かな定義によるものの、もしかしたら社会課題を解決するということは人間には難しすぎるのかもしれません。難しいと考えられる理由に、人間の限られた認知能力ゆえに、課題の原因になりうる無数の要素や複雑な因果関係を組み込みきれないことが挙げられます。

　そこで、この課題の複雑さに向き合うために、私は無数の要因を組み合わせて予測ができる「社会シミュレーション」を提案します。社会シミュレーションとは、個人の意思決定が集まることで集団としての意思決定を導き出すツールです。例えば、社会の雰囲気やいじめの発生、選挙の結果をモデル化してシミュレーションすることができます。今回の発表では、未来に向けてより良い意思決定を行える社会シミュレーションについて、皆様と一緒にディスカッションしたいと思います。

---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

講演者の自己紹介：

　明大明治中高の在学時に貧困問題に興味を持ちました。有限な資源の分配が必要だと考え、商学部に入りました。在学中での香港での交換留学で数学を専攻した際に、社会課題の解決には応用数学が必要だと感じました。そこで大学院で現象数理学科に入り「社会現象の数理モデル」について研究しました。現在は社会シミュレーションの研究の傍らスタートアップを作っている最中です。元体育会 (マラソンとテニス) の、笑えることが好きな元関西人です！