馬公廟有六扇門神，是由府城畫師潘麗水於民國59年(1970年)代繪製。

中門是尉遲恭與秦叔寶。
次間四扇門，是以二十四節氣為主題，各角色姿態靈動，力度、美感兼具，可視為其70年代彩繪黃金時期的最華麗登場作，也是目前現存唯一其二十四節氣神明作品。

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此 6 扇門均已退神，於2022年台南市政府指導協助馬公廟管理委員會偕同TSJ藝術修復團隊合作修復完成。
今後將做為文物保存，復位設於大殿兩側供民眾欣賞。

由民間倡議發起「百廟門計畫」，以彙集相關領域專家、廟宇及修復人才等，執行符合國際文物及藝術品修復的標準完整程序，為日後百廟門修復樹立專業流程及規範作業標準、培育修復人才，馬公廟6扇門神也成為該計畫首發完成的作品。

• 結緣文創【縮小版門神模型】：
  將經典之作偕同馬公廟精神以多元形式延續傳承，別具意義。