馬公廟建廟於明永歷元年(1647年)。

• 乾隆四十二年(1777年)，由臺灣府知府蔣元樞重修
  咸豐五年(1885年)大修。1926年，董事陳敬忠等人再修。

• 二次大戰後，馬公廟於1946年冬季由詹德樑等人發起重修。
  之後於1970年改建。

• 廟體因年久失修，屋頂漏水，於2018年動土整修，於2020年完工謝土，於2022年啟建壬寅年三朝祈安慶成建醮大典。

目前的建築主要是基於1970年改建成果，為二進三開間建築。
屋頂為重簷歇山式，覆有綠釉琉璃瓦。左右兩側設置有鐘鼓樓。