O Laboratório de Pesca e Navegação (LAPEN) foi criado em 2006 inicialmente com o nome de Laboratório de Tecnologia Pesqueira (LATEP), onde apenas um Professor era responsável pelo seu funcionamento. Em 2008 com a chegada do Professor responsável pelas áreas de Navegação e Máquinas e Motores, o nome do Laboratório foi alterado para LAPEN.
O LAPEN, desde sua criação, sempre foi um espaço para que as disciplinas Confecção de Apetrechos, Sistema de Pesca e Máquinas e Motores fossem ministradas. Em alguns momentos essas disciplinas tiveram que ser ministradas em áreas externas devido ao número de discentes participantes por disciplina e a falta de espaço adequado para que as disciplinas fossem ministradas.
Em 2019, após a aprovação no Edital LABINFRA 2019, foi iniciada a construção de uma área para guardar materiais de pesca, embarcações, motores, etc., para que assim a área do LAPEN fosse liberada para a organização de uma grande sala de aulas práticas.
O Laboratório de Ensino de Pesca e Navegação – LAPEN possui um espaço de aproximadamente 50m², onde ficavam materiais para aulas práticas e teóricas de disciplinas que envolvem as técnicas e confecção de apetrechos (redes, espinhéis, armadilhas para peixes, armadilhas para crustáceos etc) e também para os ensinamentos relacionados ao manuseio de máquinas e motores de pequenas embarcações pesqueiras.
Possui como responsáveis direto os Professores Francisco Carlos Alberto Fonteles Holanda (disciplinas de Técnicas de Pesca, Confecção de Apetrechos, Sistema de Pesca) e o Professor Carlos Eduardo Rangel de Andrade (disciplinas de Máquinas e Motores, Navegação Básica e Sistema de Navegação), além do Estágio Supervisionado Obrigatório (ESO) em Ordenamento e Tecnologia Pesqueira, onde ambos são responsáveis pela ESO.
Atualmente o LAPEN conta com motores de polpa e voadeiras para suas aulas práticas, bem como materiais para a confecção dos apetrechos de pesca (fios, cabos, anzóis etc).