除了常規登陸的大島外，澎湖群島周邊還散落著數十座遺世獨立的無人荒島。這些島嶼因長年免受人為干擾，成為了世界級火山玄武岩地質的活教材，更是保育類夏候鳥（燕鷗）繁衍的終極天堂。雖然多數島嶼因保護法規或地勢險峻無法登岸，但透過專業隨船導覽的「近距離巡航」，其震撼的視覺張力絕對不亞於各大主島。
特色：位於南方四島國家公園區域，因島嶼外型極像古代武將頭上戴的頭巾而得名。島上最著名的奇景是退潮時，周圍會裸露出大片極為平坦的玄武岩平台，其上分布著無數個天然海蝕「潮池」。池內清澈見底，游滿了熱帶魚與五彩珊瑚，宛如大自然設計的露天水族箱（此處為生態保護區，未經許可禁止登島，多以巡航或特定保育導覽為主）。
特色：緊鄰東吉嶼和西吉嶼的險峻無人島。南面掛嶼擁有極其壯觀的方山地貌，一側是陡峭直切入海的玄武岩神級巨牆；鋤頭嶼則因外型神似農用鋤頭而得名，島上擁有很多神祕的海蝕洞與海鳥棲息地，海流極其凶險，散發著大航海時代的粗獷美。
特色：位於吉貝嶼周邊，因外型平坦、兩端高聳，形狀極像鐵匠打鐵用的「鐵砧」而得名。這座島最大的看點是其崖壁上擁有一個巨大的天然海蝕洞，宛如一座海上拱門。每年夏天，成千上萬隻黑嘴端鳳頭燕鷗與蒼燕鷗在此盤旋交織，場面極其壯觀。
特色：位於白沙鄉與大倉嶼之間，是一座小巧精緻的無人島。島的南端延伸出一條極其美麗的弧形白沙灘，海水澄澈程度完全不輸澎澎灘。因早期島上建有一座面向大海、庇佑漁民的小土地公廟而得名，是內行私人遊艇航線極愛巡航的秘境。
特色：位於澎湖本島的最東側海域。查母嶼（台語意指女人島）是整個澎湖群島的最極東點，島上矗立著一座紅白相間的八角形「查母嶼燈塔」，守護著險惡的東側航道；鄰近的查坡嶼（台語意指男人島）則由大片粗獷的玄武岩礁石組成，兩島隔海相望，在澎湖常民文化中留下了許多趣味的男女對照神話。