En cuanto a su avifauna, esta es muy diversa y peculiar, tanto para la acuática como para la terrestre, la misma abarca una variedad de aves y réptiles. Cabe mencionar que allí se han reportado 134 especies y subespecies de aves residentes y migratorias. Dentro de las aves màs hermosas presentes en ese lugar están los flamencos y entre los réptiles podemos incluir a La Iguana Rinoceronte y La Iguana Ricord.
Dentro de los animales que se pueden encontrar en el Lago Enriquillo están los siguientes:
Flamenco (Phoenicopterus ruber).
Es un ave de gran tamaño y delgada de màs de 100 cms de altura, en estos casos el macho es de mayor tamaño que las hembras. Los flamencos se caracterizan por poseer patas y cuellos largo y una cabeza pequeña. Se encuentra en peligro de extinción en nuestro pais quedando una pequeña parte de la población, las demás desaparecieron.
Pato de la Florida (Anas bahamensis).
Esta ave mayormente habita en lagunas costeras y en lagos, especialmente en zonas de agua dulce. Pertenece a América del Norte, pero en los meses de frío migra hacia otras partes del Continente incluyendo la Isla de la Española. Su estado de conservación es preocupación menor, es decir està en aumento.
Pato criollo (Nomonyx dominicus).
Esta ave pertenece a Centroamérica y América del Sur, específicamente en las Antillas del Caribe y es endémica de nuestro territorio. Se encuentra en lagos y ciénagas tropicales. Su estado de conservación es preocupación menor, reducción.
Garza blanca real (Casmerodius albus egretta).
Es una de las garzas màs conocidas y nativa, eso se debe a que se ha distribuido por muchas partes del mundo. Esta ave es conocida por su plumaje blanco, la misma puede medir hasta un metro de altura y pesar 950 g aproximadamente, se diferencia de las demás por tener pico amarillo y patas negras. En cuanto a su conservación esta cabe en el renglón de preocupaciòn menor
Garza azul (Egretta caerulea).
Esta ave habita en todo el continente americano, es nativa, se les puede observar en aguas dulces como lagos y lagunas, pero también se pueden observar en ecosistemas de agua salada. Esta tiene las patas largas y es familia de la garza blanca. Su estado de conservación es preocupación menor, reducción.
Cocó prieto (Plegadis falcinellus).
Esta es un ave zancuda de pico largo y curvo con colores de cuerpo marrón y rojo. Los adultos reproductores son marrones y muy rojos con tonalidades iridiscentes, verdes y rosadas en las alas y el dorso. Tiene unas líneas blancas muy llamativas alrededor del ángulo del pico en su cara, que es de color naranja grisáceo, y sus patas son de color negro. Los adultos que no se reproducen son más apagados, con picos más oscuros sin líneas blancas alrededor de los bordes y numerosas manchas blancas alargadas en el cuello y la cabeza.
Cocodrilo americano (Crocodylus acutus).
Estos se encuentran en el sur de Florida (EE. UU.) hasta América Central y del Sur y varias islas del Caribe. En República Dominicana solo se encuentra en el lago Enriquillo en el sur del país. Es uno de los cocodrilos más grandes que existen, alcanzando longitudes de hasta 6 metros (19,6 pies) y, en casos raros, incluso más. Tienen una nariz larga y estrecha. Su dorso es verde oliva y su vientre es blanquecino. Viven en agua dulce, salobre o salada. Se alimentan de peces, ranas, tortugas, aves y mamíferos.
Iguana rinoceronte ( Cyclura cornuta).
Es de tono marrón y gris y se caracteriza por una protuberancia en forma de cuerno en la parte superior de la cabeza, que está más desarrollada en los machos, de ahí su nombre. Los machos son mucho más grandes que las hembras.
Su hábitat consiste en áreas rocosas y secas de Santo Domingo y Haití sin mucha cobertura forestal, generalmente en áreas costeras bajas, cerca de arrecifes costeros e islotes o en lagos y pantanos.
Iguana de ricord ( Cyclura ricordi).
Es endémica de la isla la Española, siendo una de las especies más importantes de la isla,
debido a la delicada posición de encontrarse al borde de la extinción.
Viven en las áreas más secas con sustrato de suelos arenosos o arcillosos, se alimentan
principalmente de hojas, frutas y flores de una amplia gama de especies de plantas,
Lagartija (Ameiva linoleata).
Habita en bosques secos, sabanas abiertas, pastizales e áreas de cultivo. Es más común en las regiones sur y suroeste de la isla Hispaniola.
Los adultos de esta especie miden entre 5 a 6 centímetros de longitud de cuerpo. Los machos son más grandes que las hembras.
Lagartija (Aristelliger cochranae).
Es una especie de lagarto de la familia Sphaerodactylidae. La especie fue descrita en 1931 por Chapman Grant y nombrada en honor a la notable herpetóloga y artista estadounidense Doris Mable Cochran. Es una epecie no muy conocida.
Bufónido endémico (Pelthophryne gunthri).
Es una especie de anfibio anuro de la familia de sapos Bufonidae. Se encuentra en la República Dominicana y Haití. Su hábitat natural son los bosques secos tropicales o subtropicales, bosques húmedos de tierras bajas tropicales o subtropicales, pantanos de agua dulce de corrientes intermitentes. Está amenazado por pérdida de hábitat.