O laboratório de epidemiologia é coordenado pelos professores Armando Bergamin Filho e Lilian Amorim. Ambos realizam pesquisa com epidemiologia de doenças de plantas nos trópicos e subtrópicos, com ênfase para o progresso espaço-temporal de epidemias, condições ambientais favoráveis ao desenvolvimento de epidemias, previsão de epidemias e quantificação de danos de epidemias. Os resultados das análises epidemiológicas auxiliam nas estratégias de controle de doenças e nas tomadas de decisão pelos produtores rurais. A título de exemplo, foi com base nos resultados da pesquisa do grupo que foi desenvolvido o sistema de previsão da podridão floral dos citros, mantido atualmente pelo Fundecitrus, que auxilia na decisão de aplicação ou não de fungicidas no controle desta doença. Os professores responsáveis pelo laboratório de epidemiologia são autores do livro Doenças de Plantas tropicais: Epidemiologia e Controle Econômico e editores, juntamente com outros colegas, dos dois volumes do Manual de Fitopatologia nas três últimas edições da obra.

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