CV

  • 学歴

    • 2002/4 - 2005/3 : 千葉県立長生高等学校

    • 2006/4 - 2010/3 : 東京理科大学 薬学部 生命創薬科学科

    • 2010/4 - 2012/3 : 東京理科大学大学院 薬学研究科 薬科学専攻 修士課程

    • 2012/4 - 2015/3 : 東京理科大学大学院 薬学研究科 薬科学専攻 博士後期課程

  • 職歴

    • 2014/4 - 2015/3 : 理化学研究所 大学院生リサーチアソシエイト（JRA）

    • 2015/4 - 2018/3 : 理化学研究所 情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット 特別研究員

    • 2018/4 - 2020/3 : 理化学研究所 生命機能科学研究センター バイオインフォマティクス研究開発チーム 特別研究員

    • 2019/10 - 現在 : 科学技術振興機構 さきがけ研究員

    • 2020/4 - 現在 : 理化学研究所 生命機能科学研究センター バイオインフォマティクス研究開発チーム 基礎科学特別研究員

  • グラント

    • 2016/4 - 2019/3 : 科研費 若手（B）（16K16152）1細胞RNA-Seqデータ内に含まれる細胞型を特定する解析手法の確立

    • 2019/4 - 2022/3 : 科研費 若手研究（19K20406） 非負値テンソル分解を用いたオーファン受容体結合リガンドの同定及び機能解明

    • 2019/10 - 2023/3: 科学技術振興機構 さきがけ[多細胞] テンソル分解を利用した細胞間相互作用の時空間解析

    • 2020/4 - 2023/3 : 基礎科学特別研究員: 結合テンソル分解による異種バイオデータの統合解析

  • 表彰

    • 露崎弘毅、二階堂愛、師田郷太、仲里猛、「MeSHRフレームワーク」、BioHack Competition、生命医薬情報学連合会（2013）

    • 修士論文最優秀賞 : Two-way AIC: マイクロアレイデータに基づく発現量変動遺伝子検出の新手法（2012）

  • 研究成果

    • 論文誌（査読付き）

      1. Koki Tsuyuzaki, Manabu Ishii and Itoshi Nikaido, Uncovering the hypergraphs of cell-cell interaction from single cell RNA-Seq dataset. (in prep.)

      2. Koki Tsuyuzaki, Hiroyuki Sato, Kenta Sato and Itoshi Nikaido, OnlinePCA.jl: an ultrafast and memory-efficient incremental principal component analysis for million-level single cell RNA-sequencing. BMC Genome Biology, 21(12) (2020) Fulltext

      3. Hirotaka Matsumoto, Tetsutaro Hayashi, Haruka Ozaki, Koki Tsuyuzaki, Mana Umeda, Tsuyoshi Iida, Masaya Nakamura, Hideyuki Okano, and Itoshi Nikaido, A NMF based approach to discover overlooked differentially expressed gene regions from single-cell RNA-seq. NAR Genomics and Bioinformatics, 2(1), lqz020, (2019) Fulltext

      4. Kenta Sato, Koki Tsuyuzaki, Kentaro Shimizu and Itoshi Nikaido, CellFishing.jl: an ultrafast and scalable cell search method for single-cell RNA-sequencing. BMC Genome Biology 20(31) (2019) Fulltext

      5. Koki Tsuyuzaki and Itoshi Nikaido, Biological Systems as Heterogeneous Information Networks: A Mini-review and Perspectives. WSDM2018 HeteroNAM'18 (2018) Fulltext

      6. Gota Morota, Francisco Penagaricano, Jessica L. Petersen, Daniel C. Ciobanu, Koki Tsuyuzaki and Itoshi Nikaido, An application of MeSH enrichment analysis in livestock. Animal Genetics. 46, 381-387 (2015) Fulltext

      7. Koki Tsuyuzaki, Gota Morota, Takeru Nakazato, Satoru Miyazaki and Itoshi Nikaido, MeSH ORA framework: R/Bioconductor packages to support MeSH over-representation analysis. BMC Bioinformatics, 16(45) (2015) Fulltext

      8. Koki Tsuyuzaki, Daisuke Tominaga, Kwon Yeondae and Satoru Miyazaki, Two-way AIC: detection of differentially expressed genes from large scale microarray meta-dataset. BMC Genomics, 14 (Suppl2):S9, (2013) Fulltext

    • 書籍

      1. 露崎弘毅、「リファレンスゲノムにマッピングしない方法〜salmon，kallisto，tximport & RNA-Seq定量にまつわるFAQ」、Chapter3-(3)、RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ（実験医学別冊）(2019) amazon

      2. 露崎弘毅、二階堂愛、「1細胞RNA-Seqデータ解析」、第2章 シングルセル解析の実際、シングルセル解析 実験ガイド（実験医学別冊）(2017) amazon

      3. 露崎弘毅、「Rの使い方」、Level1（準備編）、次世代シーケンサーDRY解析教本（細胞工学別冊）(2015) amazon

      4. 露崎弘毅、二階堂愛、「R + biomaRt + reshape2 + ggplot2 + grid + entropy」、Level3（論文別・作図コマンド解説）、次世代シーケンサーDRY解析教本（細胞工学別冊）(2015) amazon

    • 国際会議

      • 口頭発表

        1. Koki Tsuyuzaki, Tensor decomposition, a versatile method for heterogeneous biological data fusion, BioC Asia 2020 (2020)

        2. Koki Tsuyuzaki and Itoshi Nikaido, Biological Systems as Heterogeneous Information Networks: A Mini-review and Perspectives. WSDM2018 HeteroNAM'18 (2018)

        3. Koki Tsuyuzaki, Daisuke Tominaga, Kwon Yeondae and Satoru Miyazaki, Two-way AIC: Detection of Differentially Expressed Genes from Large Scale Microarray Meta-Dataset. ISCB-ASIA 2012 (2012)

      • ポスター発表

        1. Koki Tsuyuzaki, Gota Morota, Manabu Ishii, Takeru Nakazato, Satoru Miyazaki and Itoshi Nikaido, MeSH ORA Framework: R/Bioconductor packages to support MeSH over-representation analysis. GIW/InCoB2015 (2015)

    • 国内会議・シンポジウム

      • 口頭発表

        1. 露崎弘毅、情報処理学会第64回バイオ情報学研究会/東北大学電気通信研究所第35回生体生命工学研究会、行列・テンソル分解を用いた
異種バイオデータ統合解析の数理（特別講演）

        2. Koki Tsuyuzaki, Hiroyuki Sato, Kenta Sato and Itoshi Nikaido, Benchmarking principal component analysis for large-scale single-cell RNA-sequencing, ハイライトトラックI, IIBMP2020 (2020)

        3. 露崎弘毅、非負値テンソル分解を用いた
細胞間相互作用の推定、第16回生物数学の理論とその応用
- 生命現象の定量的理解に向けて -「データから読み解く免疫のダイナミクス」(2020)

        4. 露崎弘毅、「イントロダクション: テンソルとしてのバイオデータ」、フォーラム（2F-09）テンソル分解 -ヘテロなバイオデータを繋ぐ次世代型データ解析技術-、第42回分子生物学会年会（2019）

        5. 露崎弘毅、「データベースとデータ解析の融合〜なぜデータベースは必要か〜」、ワークショップ（1AW01）いかにして「使える」データベースを維持し続けるか、2017年度生命科学系学会合同年次大会（招待講演）（2017）

        6. 露崎弘毅、「Heterogeneous Information Networks / Meta-pathの紹介」 、第6回生命医薬情報学連合大会（2017）

        7. 露崎弘毅、「文献注釈情報MeSHを利用した網羅的な遺伝子の機能アノテーションパッケージ」、ワークショップ（3W24）データベース生物学: 公共データの再利用による新しい研究スタイルのすすめ、第38回 日本分子生物学会/第88回日本生化学会大会（招待講演）（2015）

        8. 富永大介、露崎弘毅、「Large-scale multi-omics data estimate a potential quorum sensing interaction with mucoid conversion in Pseudomonas aeruginosa」、ゲノムビッグデータによるゲームチェンジ - 新しい創薬・ヘルスケアへのいぶき - （2014）

        9. 尾崎遼、露崎弘毅、横山貴央、「Excelによる遺伝子名の誤変換 - 傾向と対策 -」、BioHack Competition、生命医薬情報学連合大会（2013）

        10. 露崎弘毅、二階堂愛、師田郷太、仲里猛、「MeSHRフレームワーク」、BioHack Competition、生命医薬情報学連合大会（2013）

        11. 露崎弘毅、富永大介、権娟大、宮崎智、「2way AIC: マイクロアレイデータに基づく発現量変動遺伝子の新手法」、第8回MPS・第27回BIO合同研究発表会（SIG-BIO）（2011）

      • ポスター発表

        1. Koki Tsuyuzaki、Biological Systems as Heterogeneous Information Networks. 理研-産総研合同計算生命科学交流会（2018）

        2. 露崎弘毅、「大規模1細胞RNA-Seqからの異種細胞検出法の開発」、第1回理化学研究所・産業技術総合研究所共同シンポジウム（ビッグデータとビッグシミュレーションによる生命科学の未来）（2016）

        3. Koki Tsuyuzaki, MeSH ORA: R/Bioconductor packages for performing MeSH over-representation analysis in model and non-model organisms. 生命医薬情報学連合大会2015年大会（2015）

        4. Koki Tsuyuzaki, Itoshi Nikaido and Satoru Miyazaki, Meta-analysis of multiple RNA-seq Datasets. 生命医薬情報学連合大会2013年大会（2013）

        5. Koki Tsuyuzaki, Akimasa Seno, Tamotsu Sugawara, Tomonori Suzuki and Satoru Miyazaki, Elucidation of dynamics of Quorum Sensing of Pseudomonas aeruginosa. 情報計算化学生物学会（CBI）2010年大会（2010）

    • 研究会 ・講演会

      • 口頭発表

        1. 露崎弘毅、「さらに複雑なグラフの作図、解析結果の共有、記録」第2回ライフ&インフォ女子の会（招待講演）（2016）

        2. 露崎弘毅、「大規模single-cell RNA-Seqデータ解析の現状と課題」、早稲田大学 浜田研究室 講演会（招待講演）（2015）

        3. 露崎弘毅、「metaSeq: RNA-seqデータにおけるメタアナリシス解析パッケージ」第5回生命情報若手の会（2014）

        4. 露崎弘毅、「RとSQLiteによるオミックス解析の促進」、第2回Rでつなぐ次世代オミックス情報統合研究会（招待講演）（2013）

      • ポスター発表

        1. 露崎弘毅、「超大規模1細胞RNA-Seqデータ解析のためのオンライン型主成分分析の開発」、NGS現場の会 第5回研究会（2017）

        2. 露崎弘毅、「大規模1細胞RNA-Seqからの異種細胞検出法の開発」、NGS現場の会 第4回研究会（2015）

        3. 露崎弘毅、「metaSeq: RNA-seqデータにおけるメタアナリシス解析パッケージ」第5回生命情報若手の会（2014）

        4. 露崎弘毅、「RNA-seqデータにおけるメタアナリシスの利用」、NGS現場の会 第3回研究会（2013）

        5. 露崎弘毅、「緑膿菌Quorum Sensing機構に関わる遺伝子ネットワークのin silico解析」、NGS現場の会 第3回研究会（2013）

        6. 露崎弘毅、「DNAマイクロアレイ解析とRNA-Seq解析の違い」、NGS現場の会 第2回研究会（2012）

    • セッション/コミュニティ企画・運営

      1. Bio"Pack"athon（2020.2 - 現在）

      2. （BoFセッション）セマンティックウェブ時代におけるバイオデータベースとデータ解析の融合（2017）、第6回生命医薬情報学連合大会（2017）

      3. （フォーラム）テンソル分解 -ヘテロなバイオデータを繋ぐ次世代型データ解析技術- 、第42回分子生物学会年会（2019）